法人税のe-Tax電子申告｜義務化の対象・手順・必要なもの

法人の電子申告とは？e-TaxとeLTAXの全体像

法人税の電子申告とは、これまで紙の申告書を税務署の窓口や郵送で提出していた手続きを、インターネット経由で完結させるしくみです。国税（法人税・消費税・地方法人税）の申告にはe-Tax（国税電子申告・納税システム）を、地方税（法人住民税・法人事業税）の申告にはeLTAX（地方税ポータルシステム）を使います。

e-TaxとeLTAXの違いを一覧で比較

法人が電子申告できる手続きの範囲

e-Taxで対応できるのは確定申告・中間申告・修正申告だけではありません。法人設立届出書、青色申告承認申請書、各種届出書もe-Taxで提出可能です。eLTAXでも法人設立届出、申告期限の延長申請などが電子で提出できます。実務上、決算・申告に関連する書類のほぼ全てが電子対応している状態です。

電子申告義務化の対象法人と判定基準

電子申告が「義務」となるのは、全ての法人ではありません。平成30年度税制改正により、令和2年（2020年）4月1日以後に開始する事業年度から、一定の大法人に対して電子申告が義務づけられました。

義務化の対象となる法人

「あなたの会社は義務化対象？」判定フロー

義務化対象法人が書面申告したらどうなる？

義務化対象の法人が電子申告ではなく紙の申告書を提出した場合、その申告は無効（無申告扱い）になります。これは単なるペナルティではなく、申告自体が「なかったこと」になるという厳しい取り扱いです。

書面申告した場合のペナルティ

実務で気をつけたいのは、「紙で出したから遅れてe-Taxで出し直せばいい」という考えは通用しないという点です。紙の申告は最初から無効なので、e-Taxで再送した時点が申告日になります。期限を過ぎていれば無申告加算税と延滞税の両方がかかります。

書面申告が認められる例外

電子申告が義務化されている法人でも、「災害その他の理由」でe-Taxを使えない場合は、税務署長の事前承認を得て書面申告ができます。国税庁が示す具体的な例としては、自然災害やサイバー攻撃でインターネット環境に障害が発生した場合、経営悪化でインターネット契約を解除した場合などが挙げられています。

なお、国税の書面申告が承認されれば、地方税（eLTAX）についても自動的に書面申告が認められるため、別途の手続きは不要です。

義務化対象法人の届出手続き

義務化対象法人は、対象となる事業年度の開始から1ヶ月以内に「e-Taxによる申告の特例に係る届出書」を所轄税務署に提出する必要があります。すでにe-Taxで電子申告を行っている法人であっても、この届出書の提出は必要です。

届出が必要なタイミング

中小企業がe-Tax電子申告を使うメリット

資本金1億円以下の中小企業には電子申告の義務はありませんが、実務では電子申告を利用する方が圧倒的にメリットがあります。実際に、当事務所が関与する中小企業のうち9割以上がe-Taxを利用しています。

電子申告と書面申告のメリット・デメリット比較

特に中小企業にとって大きいのが、還付金の受取スピードです。書面申告では1〜2ヶ月かかる還付が、電子申告なら約3週間で受け取れます。消費税の還付がある場合、このスピード差は資金繰りに直結します。

なお、法人の決算申告の詳しい流れについては「法人決算の流れ完全ガイド」で解説していますので、あわせてご確認ください。

e-Tax電子申告の始め方【5ステップ】

法人がe-Taxで電子申告を始めるためには、事前準備が必要です。初回のみ手間がかかりますが、一度セットアップすれば翌年以降はスムーズに申告できます。

ステップ1：利用者識別番号の取得

e-Taxを利用するには、まず「利用者識別番号」と「暗証番号」を取得します。e-Taxの開始届出書をオンラインで提出すれば即時に発行されます。法人番号・法人名称・納税地情報・代表者情報を入力するだけで完了します。

ステップ2：電子証明書の取得

電子申告には、本人確認のための電子証明書が必要です。法人の場合、商業登記認証局が発行する電子証明書か、法人代表者のマイナンバーカードが利用できます。商業登記認証局の電子証明書は、法務局のオンライン申請で取得でき、証明期間に応じた手数料がかかります（1年で2,500円、2年で4,300円）。

ステップ3：e-Taxソフトの準備

国税庁が提供するe-Taxソフト（インストール版）をダウンロードするか、市販の会計ソフト（freee・マネーフォワード・弥生会計など）のe-Tax連携機能を利用します。市販の会計ソフトを使っている場合は、申告書作成からe-Tax送信まで一気通貫で対応できるため、別途e-Taxソフトを導入する必要はありません。

ステップ4：申告書の作成と送信

申告書・別表・財務諸表・勘定科目内訳明細書のデータを作成し、電子署名を付けてe-Taxに送信します。送信後、受信通知が返ってくれば申告完了です。添付漏れがあった場合は追加送信で対応できます。

別表の書き方については「法人税の別表とは？種類と書き方をわかりやすく解説」で詳しく解説しています。

ステップ5：eLTAXでの地方税申告

e-Taxでの国税申告が完了したら、同じ日にeLTAXで地方税（法人住民税・法人事業税）の申告を行います。eLTAXは利用者IDの取得が必要ですが、eLTAXポータルサイトからオンラインで届出可能です。なお、e-Taxで提出した財務諸表は、eLTAXの法人事業税申告でも利用できる（再提出不要）しくみになっています。

電子納税の方法と選択肢

電子申告で申告書を提出した後、法人税の納付手続きも電子的に行うことができます。税務署や金融機関の窓口に行く必要がなくなるため、業務効率が大きく向上します。

電子納税の4つの方法を比較

税理士の代理送信のしくみ

電子申告は自社で行う必要はありません。税理士が代理で電子申告を行う「代理送信」が認められています。義務化対象法人であっても、税理士による代理送信で問題ありません。

代理送信の流れ

税理士が代理送信する場合、法人の利用者識別番号と税理士の電子証明書を使って申告書を送信します。法人側は電子証明書やICカードリーダーを準備する必要がなく、初期投資も不要です。税理士に決算申告を依頼している場合は、申告書の作成から電子送信までを一括して任せることができます。

会社設立時の届出と合わせて決算申告を税理士に依頼するメリットについては「会社設立の流れ完全ガイド」でも解説しています。

電子申告の利便性向上施策

義務化に合わせて、e-Taxの利便性を高めるための施策が導入されています。これらは義務化対象法人だけでなく、全ての法人が利用可能です。

主な利便性向上施策

特にCSV形式での提出は、経理実務を大きく効率化します。会計ソフトから出力したCSVデータをそのままe-Taxに取り込めるため、申告書の手入力が不要になります。勘定科目内訳明細書は項目数が多いため、この時間削減効果は非常に大きいです。

法定調書の電子提出義務化も押さえておく

電子申告の義務化とは別に、法定調書の電子提出義務化も進んでいます。現行制度では、前々年の法定調書の提出枚数が100枚以上の場合にe-Tax又は光ディスク等での提出が義務づけられていますが、令和9年（2027年）1月以降は、この基準が30枚以上に引き下げられます。

「給与所得の源泉徴収票」は従業員数が30人以上の法人であれば対象になる可能性が高いため、中小企業も今のうちから電子提出の準備を進めておくべきです。

電子申告でよくあるトラブルと対処法

トラブル別の対処法一覧

自分でやる vs 税理士に依頼：判断基準

コストと手間の比較シミュレーション

※概算値です。税理士報酬は別途発生します。

結論として、記帳から自社で行っており、会計ソフトの操作に慣れている場合は自社での電子申告も十分可能です。一方、別表の作成に不安がある場合や、e-TaxとeLTAXの両方に対応する時間がない場合は、税理士に決算申告を依頼する方が効率的です。

税理士への依頼を検討する場合は「法人化のタイミングと判断基準」や「役員報酬の基礎知識」もあわせてご確認ください。

よくある質問（FAQ）

まとめ

電子申告は一度環境を整えてしまえば、翌年以降はスムーズに申告できます。税理士に決算申告を依頼している場合は、代理送信で自社側の手間はほぼゼロです。まだ書面申告をしている法人は、今期から電子申告への切り替えを検討しましょう。

参考: 国税庁「大法人の電子申告の義務化について」 ／ eLTAX「大法人の電子申告義務化に係る特設ページ」

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