新宿区で事業を営む経営者・経理担当者に向けて、年末調整の全手順を完全ガイド。令和7年度税制改正（基礎控除引上げ・特定親族特別控除の新設）の実務対応、新宿区役所への住民税特別徴収の提出方法まで、一連の流れを税理士×社労士が解説します。
🏆 結論：年末調整は「6ステップ」で完了。令和7年分（2025年以降）は申告書4種統合と特定親族特別控除に注意
新宿区の経営者・経理担当者にとって、年末調整は給与所得者の税金を確定させる年1回の重要業務です。全体の流れは「①11月上旬：申告書配布→②11月末：申告書回収→③12月：控除額計算→④12月給与：年末調整済み給与支給→⑤翌年1月10日まで：源泉徴収票交付・税務署へ法定調書提出→⑥翌年1月31日まで：新宿区役所へ給与支払報告書提出」の6ステップです。令和7年分（2025年以降）から基礎控除が最大95万円に引き上げ、給与所得控除も段階的引上げ、19〜23歳の親族向け「特定親族特別控除」（合計所得58万〜123万円）が新設され、申告書4種（基礎控除・配偶者控除・特定親族特別控除・所得金額調整控除）が1枚に統合されました。
年末調整の実務は、11月上旬から翌年1月末までの約3ヶ月にわたる継続業務です。全体像を把握してから各ステップに取り組むことで、期限遅延や計算ミスを防げます。
📢 令和7年度税制改正（2025年・令和7年分以降）の主な変更点
①基礎控除の引上げ：最大48万円→最大95万円（合計所得金額に応じた段階的適用）。②給与所得控除の引上げ：最低保障額55万円→65万円。③特定親族特別控除の新設：19〜23歳の扶養親族で合計所得58万〜123万円の場合、段階的控除。④申告書の統合：基礎控除・配偶者控除・特定親族特別控除・所得金額調整控除の4申告書が1枚の兼用様式に統合。源泉徴収税額表も令和8年1月以後支給分から改正されます。
年末調整の起点となるのが、従業員への申告書配布です。国税庁から公表される最新様式をダウンロードして利用します（国税庁「年末調整のしかた」参照）。令和7年分から様式が大きく変更されているため、前年と同じ書類を使い回ししないよう注意が必要です。
| 様式名 | 対象者 | 備考 |
|---|---|---|
| ①扶養控除等（異動）申告書 | 全従業員 | 令和7年分＋令和8年分の2年分を回収 |
| ②基・配・特・所申告書（4様式統合） | 各控除を受ける従業員 | 令和7年分から4様式が1枚に統合 |
| ③保険料控除申告書 | 生命保険・地震保険料支払者 | 控除証明書の添付が必要 |
| ④住宅借入金等特別控除申告書 | 住宅ローン控除2年目以降 | 税務署から交付された申告書を使用 |
💡 実務のポイント：申告書統合で記入箇所が複雑化
令和7年分から「基礎控除」「配偶者控除」「特定親族特別控除」「所得金額調整控除」の4様式が1枚の兼用様式に統合されました。1枚で4つの申告ができる一方、記入箇所が複雑化し、該当者が迷いやすくなっています。経理担当者は記入例を添えて配布し、「自分の該当欄だけ記入する」よう従業員に案内することが重要です。
配布後2〜3週間の提出期限を設定し、申告書と各種控除証明書を回収します。提出漏れがあると年末調整ができず、従業員が自分で確定申告する必要が出るため、期限管理が重要です。
| 控除の種類 | 必要な添付書類 |
|---|---|
| 生命保険料控除 | 保険会社発行の控除証明書（ハガキまたは電子証明書） |
| 地震保険料控除 | 損害保険会社発行の控除証明書 |
| 小規模企業共済等掛金控除（iDeCo含む） | 国民年金基金連合会発行の掛金払込証明書 |
| 社会保険料控除（国民年金等） | 国民年金保険料控除証明書 |
| 住宅ローン控除（2年目以降） | 借入金年末残高証明書＋住宅借入金等特別控除申告書 |
| 特定親族特別控除（新設） | 親族の所得を証明する書類（源泉徴収票・確定申告書の写し等） |
| 前職の給与所得（転職者） | 前職の源泉徴収票（原本） |
⚠️ 注意：特定親族特別控除の新設で19〜23歳の子がいる従業員に周知必須
令和7年分から新設の特定親族特別控除は、19歳以上23歳未満の親族で合計所得金額が58万円超123万円以下の場合が対象です。大学生の子がアルバイトで年収103万円を超え150万円程度まで稼ぐケースが典型的です。該当可能性のある従業員には、事前に子のアルバイト収入を確認してもらうよう個別に案内することで、申告漏れを防げます。
回収した申告書をもとに、従業員ごとに年税額を計算します。給与計算ソフトまたは国税庁の「年調ソフト」を使うのが一般的ですが、令和7年分から計算式が複雑化しているため、手計算は現実的ではありません。
| 合計所得金額 | 令和6年以前 | 令和7年以降（最大） |
|---|---|---|
| 132万円以下 | 48万円 | 95万円 |
| 132万円超〜336万円以下 | 48万円 | 88万円 |
| 336万円超〜489万円以下 | 48万円 | 68万円 |
| 489万円超〜655万円以下 | 48万円 | 63万円 |
| 655万円超〜2,350万円以下 | 48万円 | 58万円 |
| 2,350万円超〜2,400万円以下 | 48万円 | 48万円 |
| 2,400万円超 | 32万・16万・0円 | 32万・16万・0円 |
🧮 シミュレーション：年収500万円・扶養子2人の会社員
給与所得控除：144万円（令和7年以降）、給与所得：356万円
基礎控除：68万円（令和7年改正）、配偶者控除38万円、扶養控除2人で76万円、社会保険料75万円合計257万円
課税所得：356万円－257万円＝99万円、所得税（税率5%）：49,500円
令和6年時点との比較：基礎控除48万→68万で20万円増、税額1万円減（所得税率5%適用）
計算した年税額と、1月〜12月に源泉徴収した税額合計との差額を、12月給与（または賞与）で精算します。多くの従業員は還付（マイナス精算）になりますが、副業や賞与が多い場合は追徴となるケースもあります。
| パターン | 精算方法 | 従業員への影響 |
|---|---|---|
| 源泉合計＞年税額 | 差額を12月給与に加算 | 手取り増（還付） |
| 源泉合計＜年税額 | 差額を12月給与から減算 | 手取り減（追徴） |
| 源泉合計＝年税額 | 精算なし | 通常給与のみ |
年末調整完了後、「給与所得の源泉徴収票」を従業員に交付します。従業員用と税務署提出用（高給与者のみ）、新宿区役所提出用（給与支払報告書）の3種類を作成します。原則として翌年1月31日までが交付期限です。
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初回相談無料。新宿三丁目駅徒歩2分・税理士と社労士が、年末調整から給与計算・住民税特別徴収まで一括対応します。
鮎澤パートナーズに相談する年末調整完了後、所定の法定調書を税務署に提出します。新宿区の事業者は住所地により新宿税務署または四谷税務署に提出します。
| 書類名 | 提出対象 | 期限 |
|---|---|---|
| 源泉徴収票（税務署用） | 給与年間500万円超の役員、給与1,500万円超の使用人等 | 翌年1月31日 |
| 報酬・料金等の支払調書 | 税理士・弁護士等への年5万円超の支払 | 翌年1月31日 |
| 不動産使用料等の支払調書 | 法人への年15万円超の賃料等 | 翌年1月31日 |
| 法定調書合計表 | 各種法定調書の集計表 | 翌年1月31日 |
| 源泉所得税の納付書（年末調整分） | 還付超過分の還付請求または追徴分の納付 | 翌年1月10日（納期特例の場合1月20日） |
💡 実務のポイント：e-Tax電子提出が必須
法定調書の提出件数が100枚以上の事業者は、令和3年1月以後の提出分からe-Tax・光ディスク等による電子提出が義務化されています。新宿区内の中堅・大企業はほぼ該当するため、給与計算ソフトまたは会計事務所のクラウドシステムで電子提出できる体制を整える必要があります。
年末調整で最も見落とされやすいのが、新宿区役所への給与支払報告書提出です。これは住民税の計算に必要な書類で、翌年1月31日までに提出期限が定められています。根拠法令はe-Gov 地方税法第317条の6で、事業者には従業員の給与支払報告書を住所地の市区町村長に提出する義務が課されています。新宿区役所の案内は新宿区「特別徴収（給与からの住民税の差引き）」で確認できます。
| 項目 | 内容 |
|---|---|
| 提出先 | 従業員の住所地の市区町村（従業員ごとに提出先が異なる） |
| 新宿区居住者向け | 新宿区役所 税務課 住民税係（〒160-8484 歌舞伎町1-4-1） |
| 提出書類 | 給与支払報告書（個人別）＋給与支払報告書（総括表） |
| 提出期限 | 翌年1月31日 |
| 提出方法 | 書面提出 または eLTAX（地方税ポータル）電子提出 |
給与支払報告書提出時、従業員の住民税を「特別徴収」と「普通徴収」に区分します。新宿区を含め東京都は原則特別徴収の徹底を推進しており、普通徴収が認められるのは限定的な例外のみです。
| 徴収方法 | 概要 | 対象 |
|---|---|---|
| 特別徴収（原則） | 事業者が給与から住民税を差引き、市区町村に納付 | 全ての給与所得者 |
| 普通徴収（例外） | 従業員が自分で住民税を納付 | 従業員2人以下の事業主、他の事業所で特別徴収されている人、退職者等の限定的ケースのみ |
給与支払報告書提出後、5月中旬に新宿区から「特別徴収税額決定通知書」が届きます。6月から翌年5月までの12ヶ月にわたって、毎月の給与から住民税を差し引いて納付することになります。
| 時期 | 事業者の作業 |
|---|---|
| 1月31日まで | 給与支払報告書を提出 |
| 5月中旬 | 新宿区役所から特別徴収税額決定通知書を受領 |
| 6月給与から翌年5月給与まで | 毎月の給与から住民税を差引き、翌月10日までに納付 |
| 従業員の退職時 | 「給与所得者異動届出書」を新宿区に提出 |
⚠️ 注意：納期特例（半年払い）の対象は社員10名未満
常時10人未満の給与支払者は、税務署に「源泉所得税の納期の特例の承認に関する申請書」を提出することで、源泉所得税を年2回（7月・翌年1月）にまとめて納付できます。住民税も同様に「納期の特例」を新宿区役所に申請すれば年2回納付可能です。人数制限があるため、従業員が増えた場合の切替タイミングに注意が必要です。
年末調整は税務と労務の両方にまたがる業務です。税理士のみ・社労士のみだと、給与計算と税務申告の整合性で問題が出やすく、両方を一貫で依頼できる事務所が効率的です。
| 従業員数 | 年末調整代行費用相場 | 法定調書・給与支払報告書 |
|---|---|---|
| 〜5名 | 3〜5万円 | 2〜3万円 |
| 6〜10名 | 5〜8万円 | 3〜5万円 |
| 11〜20名 | 8〜12万円 | 5〜7万円 |
| 21〜50名 | 12〜20万円 | 7〜12万円 |
| 51名以上 | 20万円〜（1人1,500〜2,500円加算） | 15万円〜 |
🔷 社労士の視点：経理担当者のスキルアップも鍵
現場では、年末調整を全面的に外注せず、経理担当者が主体で進めるケースも多くあります。日商簿記2級＋FP2級程度の基礎知識があれば、給与計算ソフトのサポートで十分対応可能です。税理士・社労士事務所に「相談料込みの部分外注」（申告書チェックのみ依頼など）で費用を抑える選択肢もあります。
⚠️ 注意：年末調整後の再調整と確定申告の案内
年末調整完了後に控除書類が発見された場合、翌年1月31日までなら「年末調整の再調整」が可能です。それ以降は従業員本人による確定申告（還付申告）となります。また、住宅ローン控除初年度、医療費控除、ふるさと納税（ワンストップ特例未利用）、副業収入20万円超は、年末調整対象外のため本人が確定申告する必要があります。
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新宿三丁目駅徒歩2分。税理士と社労士が令和7年改正への対応から新宿区役所への提出まで一括代行します。初回相談無料。
鮎澤パートナーズに相談する年末調整を自社で対応するか、税理士・社労士に依頼するかは、従業員数・経理担当者のスキル・税務リスク許容度で決まります。
| 条件 | 推奨 | 理由 |
|---|---|---|
| 従業員5名以下・経理担当者あり | 自社対応＋税理士チェック | コスト最優先 |
| 従業員6〜20名・経理担当者あり | 自社対応＋税理士／社労士顧問 | 令和7年改正の対応に自信があれば可 |
| 従業員21名以上 | 税理士・社労士にフル代行 | 工数とリスクが大きいため |
| 経理担当者なし | 税理士にフル代行 | ミスリスク回避 |
| 特殊事例（外国人・役員報酬2,000万円超等）が多い | 税理士にフル代行 | 個別判断が多数発生するため |
新宿区内の全体的な税理士選びについては新宿の税理士完全ガイド、新宿区内の税務署情報は新宿区の税務署一覧を参照してください。会社設立時の税務手続きについては新宿で会社設立する際の区別の特徴、法人決算のサポートについては新宿の法人決算ガイドをご覧ください。
📋 この記事のポイント
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