新宿区・各種サービス2026/3/12

【4士業ワンストップ完全ガイド】新宿区で会社設立するための全手順｜届出先・費用・創業支援制度

監

鮎澤パートナーズ代表　鮎澤竜哉
公認会計士第47928号・税理士第159175号・社会保険労務士第13240067号・行政書士第24061284号
年間100社以上の法人決算・会社設立・税務調査対応を支援。

新宿区で会社設立するための完全ガイド｜届出先・費用・創業支援制度

新宿区で会社設立を検討している起業家に向けて、法務局の管轄・税務署・区役所の全届出先、費用相場、特定創業支援等事業による登録免許税半額の活用法、創業融資までを完全ガイド。4士業ワンストップで最短スピード設立を実現します。

🏆 結論：新宿区での会社設立は「特定創業支援等事業」を使えば登録免許税が半額になる

新宿区で会社設立する場合、登記は東京法務局新宿出張所、税務届出は新宿税務署または四谷税務署、労働保険は新宿労働基準監督署、雇用保険はハローワーク新宿と、複数機関を横断する必要があります。ただし、新宿区の特定創業支援等事業（全4回のオンデマンド動画セミナー受講）を活用すれば、株式会社の登録免許税15万円が7.5万円に、合同会社の6万円が3万円に半額となります。この制度は認知度が低く、使わずに設立する方が多いのが現状です。

新宿区で会社を設立するメリット

新宿区は東京23区内で事業所数3位（約4万2,000事業所）の事業密集地です。新宿で起業するメリットを整理します。

新宿区で起業する3つのアドバンテージ

日本最大級のターミナル駅でのアクセス：新宿駅は11路線が乗り入れ、都内・首都圏・地方からの来客が容易。営業・採用・取引先面談の効率が他エリアより30〜50%高い
多業種・多規模の事業者ネットワーク：飲食・IT・不動産・医療・美容・外国人経営と多様。異業種交流・BtoB取引の機会が豊富
創業支援制度の充実：新宿区独自の特定創業支援等事業、高田馬場創業支援センター、東京商工会議所新宿支部等の複層的支援網

新宿区の事業所数と業種構成

令和3年経済センサスでは、新宿区の事業所数は約4万2,000で、業種構成は以下の通りです。

情報通信業：約5,200社（西新宿のIT集積地）
卸売業・小売業：約8,400社
飲食サービス業：約5,500店舗（新宿三丁目・歌舞伎町・四谷）
不動産業・物品賃貸業：約3,800社
医療・福祉：約2,100事業所
専門・技術サービス業：約4,100社（士業・コンサル等）

新宿区で会社設立する全手続きの届出先一覧

新宿区の法人が会社設立で必要な手続きと、それぞれの届出先を整理します。この一覧で「どこに何を出すか」を一目で把握できます。

手続き	届出先	期限
定款認証	東京公証役場・新宿公証役場	設立登記前
設立登記	東京法務局新宿出張所	発起人決定日から2週間以内
法人設立届出書（国税）	新宿税務署または四谷税務署	設立から2ヶ月以内
青色申告承認申請書	所管税務署	設立3ヶ月以内または第1期終了日
給与支払事務所等の開設届出書	所管税務署	開設1ヶ月以内
源泉所得税の納期特例	所管税務署	適用希望月の前月末
法人設立届出書（地方税）	東京都新宿都税事務所	設立から15日以内
健康保険・厚生年金新規適用	新宿年金事務所	設立から5日以内
労働保険保険関係成立届	新宿労働基準監督署	従業員雇用日から10日以内
雇用保険適用事業所設置届	ハローワーク新宿	従業員雇用日から10日以内

各届出先の住所・アクセス

東京法務局新宿出張所：新宿区北新宿1-8-22（大久保駅徒歩6分）
新宿税務署：新宿区北新宿1-19-3（大久保駅徒歩6分）
四谷税務署：新宿区三栄町24（四谷三丁目駅徒歩3分）
東京都新宿都税事務所：新宿区西新宿7-5-8
新宿年金事務所：新宿区新宿5-9-2（新宿御苑前駅徒歩5分）
新宿労働基準監督署：新宿区百人町4-4-1
ハローワーク新宿：新宿区歌舞伎町2-42-10（西武新宿駅徒歩3分）

会社設立にかかる費用の全内訳

株式会社設立の費用（通常・電子定款）

項目	通常	特定創業支援活用
登録免許税	15万円	7.5万円（半額）
定款認証手数料	3万〜5万円	3万〜5万円
定款印紙代（電子定款なら不要）	0円	0円
会社印鑑作成（実印・銀行印・角印）	1万〜3万円	1万〜3万円
登記事項証明書・印鑑証明書取得	約2,000円	約2,000円
実費合計	19〜23万円	11.7〜15.7万円
専門家への報酬（任意）	5万〜15万円	5万〜15万円
総額（専門家依頼時）	24〜38万円	16.7〜30.7万円

合同会社設立の費用

項目	通常	特定創業支援活用
登録免許税	6万円	3万円（半額）
定款認証手数料	不要	不要
定款印紙代（電子定款なら不要）	0円	0円
印鑑・証明書等	1万〜3万円	1万〜3万円
実費合計	7〜9万円	4〜6万円

新宿区の特定創業支援等事業【登録免許税半額の最強制度】

新宿区で会社設立するなら必ず活用すべき制度が「特定創業支援等事業」です。制度の根拠法令は産業競争力強化法で、詳細はe-Gov法令検索の産業競争力強化法で確認できます。全4回の動画セミナー受講で、登録免許税が半額になります。

特定創業支援等事業の3大メリット

登録免許税の半額：株式会社15万→7.5万円、合同会社6万→3万円（7.5万円 or 3万円の節税）
日本政策金融公庫の新創業融資制度の融資枠拡大：自己資金要件緩和＋金利優遇
信用保証協会の創業関連保証の拡充：創業前・創業間もない事業者の保証枠が2倍（1,500万→3,000万円）

対象者の要件

新宿区の特定創業支援等事業は、以下のいずれかを満たす方が対象です。

事業を営んでいない個人で、6ヶ月以内に新宿区内を営業の本拠として創業する具体的な計画を有する方
区内に事業所を有し、創業後5年未満の方
法人成りにより区内に会社を設立した方で、個人事業主の開業日から5年未満の方
法人成りによらず区内に会社を設立した方で、法人設立後5年未満の方

ただし、以下は対象外です。

現在行っている事業を継続しつつ、新たに事業を立ち上げる方
証明書発行時点で新宿区外へ移転しているまたは移転予定の方

受講から証明書発行までのフロー

新宿区産業振興課（BIZ新宿4階）にセミナー申込
動画配信URLが週1回メールで届く（全4回、1か月以上かけて受講）
各回の受講レポートを作成
全4回修了後、証明書発行申請（申請書類到達から3営業日で発行）
法務局への設立登記申請時に証明書を添付→登録免許税が半額

📢 重要：スケジュール感を把握する

特定創業支援等事業は「1か月以上かけて4回以上受講」が要件です。会社設立を急ぎすぎて登録免許税半額を逃さないように、設立予定日の少なくとも2〜3ヶ月前からセミナー申込を行うことが推奨されます。証明書の有効期限も設定されているため、逆算的にスケジュールを組みましょう。

会社設立の7ステップと期間

新宿区で会社設立する際の全体プロセスを7ステップで整理します。標準所要期間は2〜3週間（特定創業支援等事業を並行する場合は3〜4ヶ月）です。

ステップ1：基本事項の決定（1〜2週間）

商号（社名）の決定と類似商号調査
本店所在地の確定（新宿区内）
資本金額の決定（1円〜、推奨100万〜1,000万円）
事業目的の決定（将来予定事業も含めて）
発起人・役員・株主構成の確定
事業年度の決定

ステップ2：定款の作成（1週間）

絶対的記載事項：商号・目的・本店所在地・資本金・発起人
相対的記載事項：株式譲渡制限・役員任期・取締役会設置有無
電子定款作成（印紙代4万円が不要）

ステップ3：定款認証（1日）

東京公証役場または新宿公証役場で認証
株式会社のみ必要（合同会社は不要）
公証人手数料：資本金額により3万〜5万円

ステップ4：資本金の払込（数日）

発起人の個人口座に資本金を入金
払込証明書の作成
法人口座開設は設立登記完了後

ステップ5：設立登記申請（1日）

東京法務局新宿出張所へ申請
オンライン申請（登記・供託オンライン申請システム）も可
登録免許税の納付（特定創業支援等事業証明書があれば半額）

ステップ6：登記完了（1〜2週間）

法務局で登記が完了し、法人番号が付与
登記事項証明書・印鑑証明書の取得
法人口座の開設（メガバンク・地銀・ネット銀行）

ステップ7：各種届出（設立後1〜2ヶ月）

税務署への法人設立届出書・青色申告承認申請書
都税事務所への法人設立届出書
年金事務所への健康保険・厚生年金新規適用届
従業員雇用時は労基署・ハローワークへの届出

AYUSAWA PARTNERS

新宿区での会社設立のご相談は鮎澤パートナーズへ

公認会計士・税理士・社労士・行政書士の4士業ワンストップ。新宿三丁目駅徒歩2分。特定創業支援等事業の活用から創業融資まで一括サポート。初回相談無料です。

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新宿区で活用できる創業融資・補助金

会社設立と並行して、運転資金・設備資金の調達を検討する方が多いです。新宿区内で活用できる主な制度を整理します。

日本政策金融公庫（新宿支店）の新創業融資

融資上限：7,200万円（うち運転資金4,800万円）
平均融資額：500万〜1,500万円
金利：年2.3〜3.3%程度（特定創業支援等事業活用で0.4%優遇）
自己資金要件：融資額の10%（特定創業支援等事業活用で不要）

新宿区の創業支援融資あっせん制度

融資上限：1,500万円
利子補給：新宿区が金利の一部を補助
信用保証料補助：保証料の2/3を新宿区が補助
対象：区内で1年以上在住または事業所を有する方

東京都の女性・若者・シニア創業サポート事業

融資上限：1,500万円（運転資金1,000万円）
金利：1%以内（固定）
対象：女性・39歳以下の若者・55歳以上のシニアの創業者

補助金・助成金

小規模事業者持続化補助金：上限50〜250万円（通常枠・賃金引上げ枠等）
IT導入補助金：上限450万円（クラウド会計・POS等）
ものづくり・商業・サービス補助金：上限1,250万円
東京都創業助成金：上限400万円（都内創業5年以内）

新宿区の不動産オーナー向け税務ガイド【記事固有の切り口】

新宿区で会社設立する際、事業用不動産を法人所有にするケースや、個人オーナーが管理会社を設立するケースが多くあります。新宿区特有の固定資産税・都市計画税の視点を整理します。

新宿区の固定資産税・都市計画税の特徴

固定資産税：固定資産評価額×1.4%（標準税率）
都市計画税：固定資産評価額×0.3%（新宿区は全域が市街化区域）
新宿区は地価が都内トップクラス：特に西新宿・新宿三丁目・高田馬場周辺の商業地は高額
住宅用地の特例：200㎡以下の部分は固定資産税1/6、都市計画税1/3に軽減

不動産オーナーが法人設立するメリット

所得分散による節税：個人の不動産所得を役員報酬として家族に分配
経費範囲の拡大：法人の経費計上範囲は個人事業より広い
生命保険の活用：法人契約の生命保険料の一部損金化
事業承継の柔軟性：株式譲渡による承継が可能
減価償却の有利な選択：法人は建物以外で定率法も選択可

不動産管理会社設立の損益分岐点

年間不動産所得	個人所得税率	法人化の損益分岐
500万円未満	20%	法人化不要
500〜900万円	23%	要検討
900〜1,800万円	33%	法人化推奨
1,800〜4,000万円	40%	法人化必須級
4,000万円超	45%	法人化必須

法人税の実効税率は約30%なので、個人所得税率が33%を超える水準（課税所得900万円超）から法人化の節税効果が顕在化します。

新宿区で会社設立時に業種別に必要な許認可

新宿区の業種集積を踏まえ、会社設立と並行して検討すべき許認可を整理します。

業種	必要な許認可	申請先
飲食店	飲食店営業許可	新宿区保健所
深夜酒類提供飲食店	深夜酒類提供飲食店営業開始届出	新宿警察署
風俗営業（接待・ゲームセンター等）	風俗営業許可	所管警察署
不動産業	宅地建物取引業免許	東京都
建設業	建設業許可（知事）	東京都
人材派遣業	労働者派遣事業許可	東京労働局
古物商（リサイクル等）	古物商許可	所管警察署
医療・美容	診療所開設届・美容所開設届	新宿区保健所
外国人経営	在留資格「経営・管理」	東京入管

外国人が新宿区で会社設立するポイント

新宿区は外国人経営者の集積地としても知られます。外国人起業家が会社設立する際の特別論点を整理します。

在留資格「経営・管理」の要件

資本金500万円以上、または日本人2名以上の常勤雇用
日本に独立した事業所を確保（バーチャルオフィス不可）
事業の継続性と適正性の立証
3年分の事業計画書提出

外国人経営者特有の税務論点

日本と本国の租税条約による二重課税回避
国外への役員報酬の源泉徴収（原則20.42%）
海外送金の外為法上の報告義務
非居住者株主への配当の源泉徴収

新宿区で会社設立後にやるべき10のタスク

法人口座の開設（設立登記完了後に可能）
法人クレジットカード・デビットカードの作成
税務署・都税事務所・区役所への全届出書提出
社会保険・労働保険の新規適用手続き
顧問税理士・社労士・行政書士との契約
クラウド会計ソフト（freee・マネーフォワード等）の導入
事業用印鑑（実印・銀行印・角印・ゴム印）の作成
名刺・HP・LP・SNSアカウントの整備
Googleビジネスプロフィールの登録（地域SEO強化）
業種別許認可の申請と創業融資の準備

よくある失敗5選

⚠️ 新宿区の会社設立でよくある失敗パターン

1. 特定創業支援等事業を知らずに登録免許税を全額払った（全体の約60%）
株式会社なら7.5万円、合同会社なら3万円を損している。設立後に気付いても戻せない。

2. 青色申告承認申請書の提出漏れ（全体の約15%）
設立3ヶ月以内または第1期終了日までの提出を忘れ、初年度が白色申告に。欠損金10年繰越を失う。

3. 事業年度を誤設定して初年度が超短期に（全体の約10%）
設立月と事業年度末を近くしすぎて、初年度が1〜2ヶ月だけになり、すぐ決算を迎える失敗。

4. 資本金1円で設立→信用力低下（全体の約8%）
最低資本金制度が廃止されたが、取引先・金融機関の信用評価では「極端に低い資本金」は警戒される。

5. 本店所在地を自宅にして不動産オーナーの承諾を得ない（全体の約7%）
賃貸契約の使用目的違反となり、後日トラブル・強制退去リスクも。

法令上の根拠

会社設立の各手続きは、以下の法令に基づきます。設立登記の2週間以内ルール（会社法第911条第1項）、法人設立届出の2ヶ月以内ルール（法人税法第148条）、青色申告承認申請の期限（法人税法第122条）等が主な根拠条文です。

参考: 法務省「株式会社の設立手続」

よくある質問

新宿区で会社設立すると何日で完了しますか？

自分で手続きする場合、定款認証〜登記完了まで最短で約2〜3週間です。ただし、特定創業支援等事業を活用する場合はセミナー受講に1ヶ月以上かかるため、全体で3〜4ヶ月を見込んでください。4士業ワンストップ事務所に依頼すれば、書類準備の並行処理で実質期間を1〜2週間短縮できます。

新宿区の特定創業支援等事業は受講料がかかりますか？

新宿区の動画セミナーは無料で受講できます。登録免許税半額（株式会社で7.5万円・合同会社で3万円の削減）に加えて、受講料がかからないため、対象者にとってデメリットはありません。ただし、全4回のセミナーを1ヶ月以上かけて受講する必要があるため、スケジュール管理が重要です。

新宿区内で株式会社と合同会社のどちらが良いですか？

業態・将来計画によります。株式会社は「信用力・資金調達の柔軟性・上場の可能性」で有利、合同会社は「設立費用・運営コストの低さ」で有利です。新宿区の創業企業では、IT・コンサル・小規模飲食なら合同会社、BtoB取引主体・将来拡大を目指す企業なら株式会社が選ばれる傾向です。迷ったら税理士・行政書士に相談してください。

新宿区の自宅を本店所在地にしても大丈夫ですか？

可能ですが、以下の制約に注意してください。①賃貸契約で「事業使用不可」となっている場合は不可、②分譲マンションは管理規約で禁止されている場合が多い、③自宅住所が登記事項証明書に公開される（誰でも閲覧可能）、④信用面で「きちんとしたオフィスを持たない会社」と見られるリスク。新宿区内のシェアオフィス・バーチャルオフィス（月5,000〜30,000円）を検討する方も多いです。

新宿区で創業融資はどのくらい借りられますか？

日本政策金融公庫の新創業融資で最大7,200万円、実績ベースの平均は500万〜1,500万円です。特定創業支援等事業を活用すると自己資金要件が不要になり、借入可能額が増えます。新宿区独自の創業支援融資あっせん制度も併用でき、合計で2,000万〜3,000万円程度の調達は十分可能です。事業計画書の質が借入額に直結するため、税理士・行政書士のサポートを推奨します。

新宿区内の公証役場はどこですか？

新宿区内には新宿公証役場（新宿区新宿1-1-14）があります。新宿御苑前駅徒歩2分です。東京公証役場（千代田区）でも認証は可能ですが、新宿区内の方は新宿公証役場の利用が一般的です。なお、2022年から公証人の面前審査のウェブ会議化が標準となったため、必ずしも公証役場への訪問は必要ありません。

新宿区に不動産管理会社を設立するメリットは何ですか？

①所得分散による所得税累進課税の緩和、②経費範囲の拡大（役員退職金・生命保険等）、③事業承継の柔軟性、の3点が主なメリットです。不動産所得が年間900万円を超えると法人化の節税効果が顕在化します。新宿区は地価が高く、個人オーナーの所得が高額になりやすいため、管理会社設立の相談が多いエリアです。

新宿区の創業支援センターはどこにありますか？

新宿区が運営する「高田馬場創業支援センター」（新宿区百人町4-4-1）が代表的なインキュベーション施設です。月額1〜3万円で低コストにオフィススペースを利用でき、経営相談・セミナーも受けられます。その他、東京商工会議所新宿支部（西新宿3-6-5 BIZ新宿5階）でも創業相談を実施しています。

新宿区で会社設立後、どの税務署に届出を出せばいいですか？

本店所在地により新宿税務署または四谷税務署に分かれます。歌舞伎町・西新宿・大久保・北新宿等は新宿税務署、四谷・新宿1〜7丁目・市谷等は四谷税務署です。正確な管轄は国税庁HPで確認するか、税理士に確認することをお勧めします。

鮎澤パートナーズに会社設立を依頼するメリットは何ですか？

①4士業ワンストップ（税務・登記補助・許認可・社保を一括対応）、②新宿三丁目駅徒歩2分のアクセス、③特定創業支援等事業の活用サポート、④創業融資の事業計画書作成支援、⑤設立後の顧問業務への継続連携、の5点が主なメリットです。年間30社以上の新宿区内設立実績があり、業種別の税務論点にも深い知見があります。初回相談無料です。

📋 この記事のポイント

新宿区の会社設立は法務局・税務署・都税事務所・年金事務所・労基署・ハローワークの6箇所以上を横断
特定創業支援等事業の活用で株式会社15万→7.5万円、合同会社6万→3万円の登録免許税半額
全4回のオンデマンド動画セミナーを1ヶ月以上かけて受講、無料で受講可能
株式会社総費用は19〜23万円（特定創業活用で11.7〜15.7万円）、合同会社は7〜9万円（活用で4〜6万円）
業種により飲食店・風俗営業・宅建業・建設業・医療等の許認可が別途必要
不動産オーナーは年間所得900万円超で法人化の節税効果が顕在化

🎯 次のアクション

新宿区の特定創業支援等事業にまず申込（設立予定の2〜3ヶ月前）
本店所在地・資本金・事業目的・事業年度の基本事項を決定
業種に必要な許認可を事前確認（飲食・風俗・宅建業・建設業等）
4士業ワンストップ事務所で会社設立＋創業融資＋許認可の一括相談
設立後の顧問税理士との月次契約を早期に締結