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【社労士×税理士が解説】両立支援等助成金と働き方改革推進支援助成金の比較と活用法｜育児介護・時短・労務改善で最大数百万円

【社労士×税理士が解説】両立支援等助成金と働き方改革推進支援助成金の比較と活用法｜育児介護・時短・労務改善で最大数百万円
監
鮎澤パートナーズ代表　鮎澤 竜哉
公認会計士 第47928号・税理士 第159175号・社会保険労務士 第13240067号・行政書士 第24061284号
年間100社以上の法人決算・会社設立・税務調査対応を支援。

両立支援等助成金と働き方改革推進支援助成金の比較と活用法

育児・介護と仕事の両立支援や、時間外労働削減・有給取得促進に取り組む中小企業経営者に向けて、2つの大型助成金制度を比較解説します。この記事を読めば、自社の課題がどちらの助成金で解決できるか、両者の併用戦略まで含めて判断できます。

🏆 結論：「人」関連は両立支援等助成金、「制度・設備」関連は働き方改革推進支援助成金

両立支援等助成金は育児・介護と仕事の両立を支える「人（労働者）」の個別ケースに対する定額助成（1人あたり数十万円）で6コース体制、働き方改革推進支援助成金は36協定見直しや労働時間管理システム導入といった「制度・設備投資」に対する経費助成（上限数百万円）で5コース体制です。両者は目的・対象・助成方式が全く異なるため、自社の課題が「特定の従業員への個別対応」なら両立支援、「職場全体の労働時間・労務環境の改善」なら働き方改革推進支援が適しています。令和8年度改正では両立支援の出生時両立支援コースが300人以下企業に拡大、働き方改革推進支援は取引環境改善コースが新設されました。両助成金は目的が異なるため、要件を満たせば同時並行で受給可能です。

2つの助成金の基本的な違い｜一覧比較表

両立支援等助成金と働き方改革推進支援助成金は、どちらも労務環境改善を目的とした助成金ですが、制度設計が大きく異なります。まず基本的な違いを一覧表で整理します。
項目 両立支援等助成金 働き方改革推進支援助成金
所管厚生労働省 雇用環境・均等局厚生労働省 労働基準局
目的育児・介護と仕事の両立支援労働時間削減・有給取得促進・勤務間インターバル導入
対象特定の労働者（育児・介護休業取得者等）事業所全体の制度・設備
助成方式定額助成（1人あたり20万円〜99万円）経費助成（導入費用の3/4、上限額は最大250万円）
財源雇用保険二事業一般会計＋労災勘定
コース数（2026年度）6コース5コース
事前の計画策定コースにより異なる（プラン策定型が多い）交付申請書の事前提出必須（交付決定前の発注は対象外）
併用同時受給可（目的が異なるため）同時受給可

参考: 厚生労働省「子ども・子育て両立支援等助成金」

どちらを選ぶべきか｜選択フローチャート

📋 自社の課題別コース選択（鮎澤パートナーズ独自整理）

  • 男性社員に育休を取得させたい → 両立支援｜出生時両立支援コース（1人目20万円）
  • 育休復帰者の支援体制を整えたい → 両立支援｜育児休業等支援コース
  • 育休中の代替要員を確保したい → 両立支援｜育休中等業務代替支援コース（最大99万円）
  • 介護離職を防ぎたい → 両立支援｜介護離職防止支援コース
  • 不妊治療と仕事の両立を支援したい → 両立支援｜不妊治療及び女性の健康課題対応両立支援コース
  • テレワーク・フレックスなど柔軟な働き方を導入したい → 両立支援｜柔軟な働き方選択制度等支援コース
  • 36協定の時間外労働を月60時間以下に削減したい → 働き方改革｜労働時間短縮・年休促進支援コース
  • 勤務間インターバル制度を導入したい → 働き方改革｜勤務間インターバル導入コース
  • 建設業・運送業・医療業の労務改善 → 働き方改革｜業種別課題対応コース
  • 労務管理システムを導入したい → 働き方改革｜労働時間適正管理推進コース
  • 下請け含めた業界全体の労務改善 → 働き方改革｜取引環境改善コース（2026年度新設）

【両立支援等助成金】全6コースの詳細比較

両立支援等助成金は、育児・介護休業法の趣旨に沿って職場環境を整備する事業主を支援する制度です。中小事業主のみを対象とするコースが大半ですが、令和8年度から一部コースは対象範囲が拡大されました。

6コースの支給額一覧（中小企業・1人あたり）

コース名 主な対象 基本支給額 加算・上限
出生時両立支援コース男性の育児休業取得1人目20万円 / 2〜3人目10万円育休取得率上昇で60万円加算
介護離職防止支援コース介護休業取得・復帰支援30万円（休業取得時）＋30万円（復帰時）有給介護休暇制度新設で30〜50万円（2026年度新設）
育児休業等支援コース育休取得・職場復帰支援育休取得時28.5万円＋復帰時28.5万円育休取得率情報公表で2万円加算
育休中等業務代替支援コース育休中の代替要員確保新規雇用：最大81万円
手当支給：最大125,000円		プラチナくるみん認定で最大99万円
柔軟な働き方選択制度等支援コーステレワーク・短時間勤務等20万円/人（最大5人まで）障害児・医療的ケア児の親に20万円加算（2026年度）
不妊治療及び女性の健康課題対応両立支援コース不妊治療・更年期等の支援環境整備・制度利用：30万円
長期利用：30万円加算		中小事業主のみ

※金額は2026年度（令和8年度）時点。参考: 厚生労働省「両立支援等助成金支給申請の手引き（2026年度版）」

2026年度（令和8年度）の主な改正点

  1. 出生時両立支援コースの対象拡大：「中小企業」から「常時雇用労働者300人以下の企業全体」に拡大（支給額は変わらず）
  2. 育休中等業務代替支援コースの支給額引上げ：新規雇用で1年以上の代替期間で最大81万円、プラチナくるみん認定で99万円
  3. 介護離職防止支援コースに有給介護休暇制度導入助成を新設：30〜50万円
  4. 柔軟な働き方選択制度等支援コースに加算：障害のある子や医療的ケアが必要な子を持つ労働者に20万円加算

出生時両立支援コース（男性育休支援）の詳細

出生時両立支援コースは、男性従業員の育児休業取得を促進するコースです。育児・介護休業法第5条に基づく育児休業を男性が取得した場合、1人目20万円・2〜3人目10万円が支給されます。 支給要件は以下の通りです：

💡 社労士の視点

弊所がサポートした従業員30名のIT企業では、男性社員の育休取得率が2年連続で30%以上となり、出生時両立支援コースの「育休取得率上昇加算」として60万円が追加支給されました。基本の20万円と合わせて80万円の受給となります。男性育休は育児・介護休業法の改正（2022年10月の産後パパ育休創設）以降、義務化が進んでいるため、就業規則整備とあわせて助成金を活用する戦略的なタイミングです。

育休中等業務代替支援コースの詳細（最大受給可能コース）

育休中等業務代替支援コースは、育児休業取得者の業務を代替する体制を整備した事業主に対して、中小企業では1人あたり最大99万円が支給される大型コースです。 2026年度改正で新規雇用の最大支給額が引き上げられ、代替期間1年以上で81万円、プラチナくるみん認定企業なら99万円となりました。代替要員の確保方法は①新規雇用②周囲の労働者への手当支給③派遣受入の3パターンから選択できます。

【働き方改革推進支援助成金】全5コースの詳細比較

働き方改革推進支援助成金は、労働基準法第36条の時間外労働規制、年次有給休暇取得、勤務間インターバル等の課題に取り組む中小企業に対して、設備投資やコンサルティング費用の経費助成を行う制度です。令和8年度は2026年4月13日から全5コースの申請受付が開始されています。

5コースの支給額一覧

コース名 成果目標 助成率 助成上限額
労働時間短縮・年休促進支援コース36協定時間外削減、有給計画付与3/4（設備導入費含む）最大200万円
勤務間インターバル導入コース9〜11時間以上のインターバル制度導入3/4最大150万円
業種別課題対応コース建設業・運送業・医療業等の時間外削減3/4最大250万円
労働時間適正管理推進コース勤怠管理・賃金計算システム導入3/4最大50万円
取引環境改善コース（2026年度新設）下請等を含む業界全体の労務改善3/4最大100万円

※助成率と上限額は成果目標の達成状況・業種により変動。参考: 厚生労働省「働き方改革推進支援助成金」

2026年度（令和8年度）の主な改正点

  1. 取引環境改善コースの新設：下請等を含む業界全体の労務改善を支援
  2. 勤務間インターバル導入コースの助成上限額引き上げ
  3. 割増賃金率引上げ加算の新設：月60時間超の時間外労働に対する割増賃金率を引き上げた場合の加算

労働時間短縮・年休促進支援コースの詳細（最も汎用性の高いコース）

労働時間短縮・年休促進支援コースは、36協定の見直しや年次有給休暇の計画的付与を成果目標として、コンサルティング費用や労務管理システム導入費用等の3/4を助成するコースです。 対象経費の例：

🧮 労働時間短縮・年休促進支援コースのシミュレーション

【前提】36協定の時間外労働上限を月80時間超→月60時間以下に削減（中小企業）
・成果目標1（36協定見直し）：上限200万円
・勤怠管理システム導入費：300万円
・助成率：3/4（ただし上限200万円を超えない範囲）
・受給額：200万円（助成上限）
・実質負担：300万円×1/4＋超過分＝100万円＋0円（上限内）
・賃金引上げ加算（30人以下で3人に3%以上引上げ）：+30万円
※交付決定前の発注・契約は一切対象外

⚠️ 交付決定前の発注・契約は助成対象外

働き方改革推進支援助成金は、交付申請書を労働局に提出し交付決定通知を受領してから、対象経費の発注・契約を行わなければなりません。交付決定前に発注した設備や契約した業務委託は一切対象外となり、後から遡及しての承認はされません。「見積取得→交付申請→交付決定→発注・契約→実施→支給申請」という順序厳守が絶対要件です。

業種別課題対応コースの詳細（建設業・運送業・医療業向け）

業種別課題対応コースは、2024年4月から時間外労働の上限規制が適用された建設業・自動車運転業務（運送業）・医業に従事する医師・砂糖製造業の中小企業事業主を対象とした特化型コースです。労働基準法第36条第11項の特例事業・業務として、上限規制の遵守に向けた設備投資等を支援します。 他のコースに比べて助成上限額が高く設定されており、最大250万円の助成が可能です。建設業や運送業で時間外労働削減に取り組む場合は、本コースを優先的に検討すべきです。

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両助成金の併用戦略｜中小企業が実践すべき組み合わせパターン

両立支援等助成金と働き方改革推進支援助成金は目的が異なるため、同時並行で受給できます。中小企業にとって最も実用的な併用パターンを紹介します。

併用パターン1：男性育休推進＋36協定見直し

男性の育児休業取得促進に取り組みつつ、会社全体の時間外労働も削減する戦略です。

🧮 併用受給シミュレーション（従業員30名のIT企業・実例ベース）

・両立支援｜出生時両立支援コース（男性育休2名取得）：20万円＋10万円＝30万円
・両立支援｜育児休業等支援コース（女性育休1名・取得時＋復帰時）：28.5万円＋28.5万円＝57万円
・両立支援｜育休中等業務代替支援コース（代替要員1名新規雇用）：最大81万円
・働き方改革｜労働時間短縮・年休促進支援コース（36協定60時間以下）：150万円
・合計：約318万円の受給が可能
※両助成金の目的が異なるため、同時申請・同時受給が認められます

併用パターン2：育休代替＋労務管理システム導入

育休取得者の代替要員確保と、勤怠管理のデジタル化を同時に進める戦略です。育休中等業務代替支援コースで代替要員の人件費を助成、労働時間適正管理推進コースで勤怠管理システム導入費を助成するという組み合わせになります。

併用パターン3：テレワーク導入＋勤務間インターバル

柔軟な働き方制度の導入と、長時間労働是正を同時に進めるパターンです。柔軟な働き方選択制度等支援コースでテレワーク導入（1人20万円×最大5人）、勤務間インターバル導入コースで制度導入・運用のコンサル費・システム費を助成します。

申請時の実務ポイント｜弊所が実際に経験したNGパターン

両助成金とも書類審査が厳格で、経験則から以下のポイントを押さえる必要があります。

NG事例1：就業規則の不整合

両立支援等助成金では、育児・介護休業法に沿った就業規則の整備が必須です。弊所の支援実例で、就業規則に「育児休業の取得を会社が拒否できる場合」という法令違反の条項が残っていたため、本体は要件を満たしていても就業規則の改訂を要求され、支給までに3か月のタイムラグが発生したケースがありました。育児・介護休業法第6条（事業主の義務）の規定を逸脱しない就業規則の事前整備が前提です。

NG事例2：働き方改革助成金の交付申請前発注

勤怠管理システムを導入予定だった製造業の事例で、経営者が「見積も取ったしすぐ発注しよう」と交付申請前に契約してしまい、約80万円の助成が受けられなかったケースがあります。働き方改革推進支援助成金は交付決定通知後の発注が絶対要件のため、タイミング管理を誤ると全額不支給となります。

NG事例3：成果目標の未達成

働き方改革推進支援助成金は「成果目標の達成」が支給要件です。36協定の見直しを目標として届出したのに、実際の残業実績が目標時間を上回ってしまった場合、目標未達成として支給額が減額または不支給となります。現場の残業実態を十分把握してから成果目標を設定する必要があります。

助成金受給の税務処理｜2つの助成金に共通する扱い

両立支援等助成金も働き方改革推進支援助成金も、受給時の税務処理は共通しています。

法人税・所得税の扱い

法人が受給した場合、助成金は法人税法第22条第2項の「益金」に該当し、支給決定通知書の日付で計上されます。個人事業主の場合は所得税法第27条の事業所得の総収入金額に算入されます。

固定資産への充当と圧縮記帳の可否

働き方改革推進支援助成金のうち、労務管理システムや設備機器の購入に充てられた助成金については、法人税法第42条の国庫補助金等の圧縮記帳の対象となる場合があります。両立支援等助成金は定額助成であり設備取得目的ではないため、圧縮記帳の対象外です。

📊 公認会計士の視点

働き方改革推進支援助成金で300万円の勤怠管理システム（耐用年数5年）を購入し200万円の助成を受けた場合、圧縮記帳を選択すれば受給年度の課税益金算入を回避できる代わりに、取得価額から200万円を減額した100万円が減価償却の基礎となります。結果として将来の減価償却費が減少するため、税負担の「先送り」という性質になります。キャッシュフロー重視（設備投資年度の納税回避）なら圧縮記帳、会計上の費用計上の平準化重視なら圧縮記帳なし、という判断分岐です。

消費税の扱い

両助成金とも対価性がないため消費税法上は不課税取引です。基準期間の課税売上高には含めません。

よくある質問

両立支援等助成金と働き方改革推進支援助成金は本当に同時に申請できますか？
はい、同時申請・同時受給が可能です。両助成金は目的（両立支援 vs 労働時間削減）も管轄部局（雇用環境・均等局 vs 労働基準局）も異なるため、要件を満たせばそれぞれ独立して受給できます。弊所の実務経験では、両方の受給を実現した中小企業で年間300万円超の受給実績があります。
両立支援等助成金のほとんどのコースが中小企業限定とのことですが、大企業でも受給できるコースはありますか？
令和8年度から「出生時両立支援コース」が「常時雇用労働者300人以下の企業全体」に拡大されたため、中堅企業も対象に含まれるようになりました。また柔軟な働き方選択制度等支援コースと不妊治療及び女性の健康課題対応両立支援コースは中小事業主のみが対象です。他の4コースは大企業も対象ですが、支給額は中小の概ね3/4程度に減額されます。
働き方改革推進支援助成金の申請は、自社で完結できますか？
自社申請も可能ですが、①成果目標の適切な設定、②対象経費の切り分け、③交付申請書類の正確な作成、④実施報告書の作成という4つの局面で専門的判断が必要です。特に成果目標の設定は「達成可能かつ実効性のある水準」でなければ、未達成で不支給になるリスクがあるため、社会保険労務士への依頼が推奨されます。
育休中等業務代替支援コースの最大99万円受給の条件は何ですか？
プラチナくるみん認定を受けている企業が、育休取得者の代替要員を1年以上新規雇用した場合に99万円となります。プラチナくるみん認定は次世代育成支援対策推進法に基づく認定制度で、一般事業主行動計画の目標達成等の要件を満たす企業に付与されます。認定のハードルは高いですが、一度取得すれば他の助成金でも優遇を受けられるため、中長期的に検討する価値があります。
働き方改革推進支援助成金の労働時間適正管理推進コースで、具体的にどんなシステムが対象になりますか？
労働時間適正管理推進コースの対象となるのは、①勤怠管理システム（打刻・集計・残業時間管理等）、②賃金計算システム、③労働時間と賃金台帳の連携システム、④人事労務管理のクラウドサービス（サブスク型も一定要件下で対象）等です。ただし「労働能率の増進に資する設備・機器」に該当するかは、労働局の個別審査となるため、申請前に管轄労働局で要件を確認することを推奨します。
出生時両立支援コースの「育休取得率上昇」の要件は具体的に何ですか？
第2種として「育児休業取得率が前事業年度に比べて30ポイント以上上昇した場合」または「取得率が70%以上となった場合」等の要件を満たすと、60万円の加算が受けられます。直近3年間の取得率推移を計算する必要があるため、過年度の雇用保険被保険者データの整理が実務上の準備作業となります。
両立支援等助成金の申請で、くるみん認定は必須ですか？
ほとんどのコースでくるみん認定は必須ではありませんが、次世代育成支援対策推進法第12条の一般事業主行動計画の策定・届出・公表・周知は多くのコースで必須要件です。101人以上の企業は法令で一般事業主行動計画の策定義務があり、100人以下の企業でも努力義務とされています。プラチナくるみん認定は育休中等業務代替支援コース等で支給額加算の対象となります。

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まとめ

📋 この記事のポイント

  • 両立支援等助成金は「人」への定額助成（6コース・1人20万〜99万円）、働き方改革推進支援助成金は「制度・設備」への経費助成（5コース・上限最大250万円）
  • 両助成金は目的・管轄が異なるため、同時並行で受給可能（併用で年間300万円超も現実的）
  • 両立支援｜出生時両立支援コースは令和8年度から300人以下企業に対象拡大
  • 両立支援｜育休中等業務代替支援コースは最大99万円（プラチナくるみん認定時）
  • 働き方改革｜業種別課題対応コースは建設業・運送業・医療業等の時間外削減で最大250万円
  • 働き方改革｜取引環境改善コースは令和8年度新設
  • 働き方改革推進支援助成金は交付決定前の発注が一切対象外（順序厳守が絶対要件）
  • 助成金は法人税法上の益金・所得税法上の総収入金額、消費税は不課税取引
  • 設備購入に充てた働き方改革助成金は法人税法第42条の圧縮記帳の対象になる場合あり

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