【社労士×税理士が解説】労基署への相談・申告と会社への影響｜申告監督の流れと対応7ステップ

労基署（労働基準監督署）とは｜権限と役割

労働基準監督署（以下、労基署）は、厚生労働省の出先機関である都道府県労働局の下部組織です。全国に約320署あり、労働基準法、労働安全衛生法、最低賃金法などの労働関係法令の遵守を監督する役割を担います。

労基署の3部門と主な役割

部門	主な役割	担当法令
監督課	事業所への立入調査、是正指導、相談対応	労働基準法、最低賃金法
労災課	労災認定、保険給付、事業主からの保険料徴収	労災保険法
安全衛生課	職場の安全衛生、機械の安全基準、衛生環境チェック	労働安全衛生法

労働基準監督官の強い権限

労働基準監督官は、労働基準法第102条により、司法警察職員としての権限を持ちます。つまり、悪質な違反企業に対しては警察と同様に、逮捕・捜索・差押え・送検ができる強力な執行機関です。臨検（立入調査）の拒否には罰則が規定されており（労働基準法第120条、30万円以下の罰金）、事実上拒否できません。

従業員の労基署への申告｜4つの方法と特徴

従業員が労基署に会社の違反を申告する方法は、主に4つあります。企業側は、どの方法も対象となりうることを理解しておきましょう。

申告の4つの方法

申告方法	特徴	匿名性
窓口への直接訪問	最も多い方法。詳細な聞き取りが可能	本名必須
電話相談	各労基署の電話相談窓口	匿名相談可
メール相談	厚生労働省「労働基準関係情報メール窓口」	匿名情報提供可
郵送・内容証明	証拠書類を添えて提出。正式性が高い	本名必須

申告者の保護｜使用者の報復は違法

労働基準法第104条第2項により、申告したことを理由に解雇・その他不利益な扱いをすることは禁止されています。違反すると、6ヶ月以下の懲役または30万円以下の罰金が科せられます（労働基準法第119条）。

労基署の4種類の調査｜申告監督を中心に

労基署の調査（臨検監督）は、大きく4種類に分類されます。このうち、従業員の申告を受けて行われるのが「申告監督」です。

労基署の4種類の調査

調査種類	契機	予告	対応の厳しさ
定期監督	年間計画により無作為抽出	予告あり（多い）	標準的
申告監督	労働者の申告	予告なし（多い）	厳しい
災害時監督	労災事故の発生	予告なし	厳しい
再監督	是正勧告後のフォロー	予告あり	非常に厳しい

申告監督が厳しい理由

申告監督は、定期監督より厳しい対応となる傾向があります。理由は以下の通りです。

• 監督官は申告者に調査結果を報告する義務があるため、徹底的な調査が行われる
• 申告者は具体的な違反事実を指摘しており、検出率が高い
• 予告なしの抜き打ち調査が多く、事前準備の時間がない
• 申告内容以外の違反も調査対象となるため、複数の問題が一度に表面化する

申告監督から是正勧告まで｜会社対応の7ステップ

ステップ1：労基署の来所・立入調査（臨検）

申告監督では、労働基準監督官が予告なく会社を訪問することが多いです。来所時には、以下が行われます。

• 監督官の身分証提示（労働基準監督官証票）
• 調査目的の説明（ただし申告者の特定情報は開示されない）
• 関係帳簿の提示要請
• 事業主・人事担当者への聞き取り
• 労働者への個別聞き取り（必要に応じて）

ステップ2：調査対象の帳簿・書類

申告監督でチェックされる主な書類は以下です。事前に整備されていない場合、その時点で違反とされるため、日頃の整備が重要です。

• 労働者名簿（労働基準法第107条）
• 賃金台帳（第108条）
• 出勤簿・タイムカード等の労働時間記録（第109条）
• 就業規則（第89条、10人以上の事業場）
• 36協定届（第36条、時間外労働の労使協定）
• 雇用契約書・労働条件通知書（第15条）
• 健康診断個人票（労働安全衛生法第66条）
• 年次有給休暇管理簿（労働基準法施行規則第24条の7）

ステップ3：聞き取り調査

事業主（代表取締役）または人事担当者が対応します。聞き取り内容は以下の通りです。

• 労働時間の管理方法（始業・終業の確認方法）
• 時間外労働・休日労働の実態と割増賃金の計算
• 36協定の内容と遵守状況
• 休憩・有給休暇の付与状況
• 健康診断の実施状況
• 申告された具体的な違反事実への反論

ステップ4：是正勧告書の交付

違反が確認されると、監督官から是正勧告書が交付されます。是正勧告書には以下が記載されています。

• 指摘された法令違反の条項
• 違反の具体的内容
• 是正すべき内容
• 是正期日（通常は1〜3ヶ月程度）
• 是正報告書の提出期限

是正勧告自体は行政指導であり、法的拘束力はありませんが、無視すると送検・企業名公表などの厳しい措置に繋がるため、必ず対応が必要です。

ステップ5：是正報告書の作成・提出

是正勧告を受けたら、指定期日までに違反状態を解消し、是正報告書を労基署に提出します。様式は労基署から提供されるか、会社で作成します。記載内容は以下の通りです。

• 指摘された条項ごとの是正状況
• いつ（日付）、何を（具体的内容）、誰が（責任者）、どうしたか
• 添付資料（改訂した就業規則、36協定届、給与修正明細、タイムカードの導入記録など）
• 再発防止策

ステップ6：是正完了

是正報告書の内容が認められれば、申告監督は終了します。ただし、以下のケースでは再監督が実施されます。

• 是正報告書が期日までに提出されなかった場合
• 報告内容に虚偽や問題点がある場合
• 監督官が是正の実効性を疑う場合

ステップ7：再発防止体制の構築

是正は「一度で終わり」ではなく、継続的な遵守が求められます。就業規則の定期的な見直し、労働時間管理システムの導入、労務担当者の教育などで、再発防止を図ります。

申告監督で多い違反事例｜経営者が特に注意すべき5項目

申告監督で特に指摘されやすい違反事例を、労働基準監督年報等の公表データと実務経験に基づいて5つ紹介します。

違反事例1：未払い残業代（割増賃金）

申告で最も多いのが、未払い残業代の問題です。サービス残業の常態化、固定残業代制度の不備、労働時間の過少申告などが典型です。

• 根拠：労働基準法第37条（時間外労働の割増賃金）
• 罰則：6ヶ月以下の懲役または30万円以下の罰金（第119条）
• 是正内容：過去2〜3年分の未払い分を遡って支払う（遡及期間は2020年改正で5年に延長、当面3年）

違反事例2：36協定の未締結・未届出

時間外労働・休日労働をさせるには、36協定（労使協定）の締結と労基署への届出が必須です。36協定なしで残業させると違法残業となります。

• 根拠：労働基準法第36条
• 罰則：6ヶ月以下の懲役または30万円以下の罰金（第119条）
• 是正内容：協定の速やかな締結・届出、過去の違法残業への対応

違反事例3：就業規則の未作成・未届出

常時10人以上の労働者を使用する事業場は就業規則の作成・届出が義務です。パート・アルバイトも人数にカウントされるため、小規模事業所でも対象となります。

• 根拠：労働基準法第89条、第90条
• 罰則：30万円以下の罰金（第120条）
• 是正内容：就業規則の作成、労働者代表の意見聴取、労基署への届出

違反事例4：労働条件通知書の未交付

採用時に労働条件を書面（または電子的方法）で明示していない場合が該当します。特に契約社員・パート・アルバイトで不備が多い項目です。

• 根拠：労働基準法第15条
• 罰則：30万円以下の罰金（第120条）
• 是正内容：全労働者への労働条件通知書の再交付

違反事例5：年次有給休暇の未付与・年5日取得義務違反

2019年4月施行の改正により、年10日以上の有給が付与される労働者には年5日以上の取得が義務化されました。取得させないと違反となります。

• 根拠：労働基準法第39条第7項
• 罰則：30万円以下の罰金（第120条）
• 是正内容：計画的付与、時季指定の仕組み導入、年次有給休暇管理簿の整備

是正勧告を放置した場合のリスク｜最悪は送検

是正勧告を軽視したり、報告書を提出しないとどうなるか、段階的なリスクを説明します。

段階的リスクエスカレーション

段階	企業への影響
①是正勧告の無視・期日遅延	再監督の実施。監督官の印象が悪化
②再監督での追加違反発覚	より厳しい是正勧告。改善命令の可能性
③悪質な違反継続	企業名公表（厚生労働省「労働基準関係法令違反企業」）
④重大・悪質な違反	送検（刑事処分）。代表取締役個人の刑事罰リスク

送検の詳細は「送検・書類送検のリスクと対策」で解説しています。

労基署申告を未然に防ぐ予防策｜5つの重点施策

申告監督を受けないためには、日頃の労務管理が最重要です。以下の5つの予防策を実行してください。

予防策1：就業規則の整備と定期見直し

就業規則が労働実態と乖離していないか、年1回以上の見直しを推奨します。法改正（育児・介護休業法、働き方改革関連法など）にも即座に対応が必要です。詳細は「就業規則の作成義務と作成方法」を参照してください。

予防策2：労働時間の正確な記録

タイムカード、ICカード、クラウド勤怠管理システムの導入で、労働時間を客観的に記録します。「自己申告制」は争いになりやすいため、可能な限り客観的な記録方法を採用してください。

予防策3：36協定の適正運用

36協定を締結・届出し、上限時間（月45時間・年360時間等）を遵守します。2019年施行の改正により、上限を超えた場合は罰則対象となります。

予防策4：有給休暇の計画的付与

年5日取得義務を満たすため、計画年休の導入、取得状況のモニタリング、経営者・管理職による率先取得を実施します。

予防策5：社内相談窓口の設置

従業員が外部の労基署に申告する前に、社内で問題解決できる仕組みを作ります。社内相談窓口、ハラスメント防止委員会、従業員満足度調査などが有効です。

税務・会計への影響｜未払い賃金の支払いが発生する場合

未払い残業代を遡って支払う際の税務処理

是正勧告を受けて過去の未払い残業代を支払う場合、以下の税務処理が必要となります。

社会保険料の修正

未払い残業代の支払いにより、標準報酬月額が変動する場合、社会保険料の修正申告が必要になるケースがあります。年金事務所・健康保険組合への相談と、月額変更届（随時改定）の検討が必要です。

よくある質問（FAQ）