労基署対応・健康管理2025/11/10

【社労士×税理士が解説】健康診断の実施義務と費用負担｜定期健診・雇入れ時健診・特殊健診の完全ガイド

監

鮎澤パートナーズ代表　鮎澤竜哉
公認会計士第47928号・税理士第159175号・社会保険労務士第13240067号・行政書士第24061284号
年間100社以上の法人決算・会社設立・税務調査対応を支援。

🔷 社労士監修 📋 税理士監修

健診費用は会社が払うのか、パート従業員にも実施義務があるか、労基署への報告義務はどこまでか。そんな経営者・人事担当者向けに、労働安全衛生法に基づく健康診断の5種類と費用相場（3,000〜15,000円/人）、衛生委員会・産業医との連携、罰則リスクまで完全ガイド。この記事を読めば、年1回の健診手配を適切に進められます。

🏆 結論：健診費用は全額会社負担。50人未満でも実施義務があり、怠れば50万円以下の罰金

労働安全衛生法第66条により、事業者には健康診断の実施義務があり、費用は全額会社負担（厚労省公式見解）です。常時雇用する労働者には年1回以上の定期健診、新規採用者には雇入時健診、有害業務従事者には特殊健診が必須。費用相場は1人3,000〜15,000円（項目数による）で、常時50人以上の事業場は定期健診結果を労基署に報告する義務があります。実施を怠ると労働安全衛生法第120条により50万円以下の罰金が科されます。50人以上の事業場では衛生委員会の設置・産業医の選任も義務化されています。

健康診断の実施義務の根拠｜労働安全衛生法第66条

健康診断の実施は、労働安全衛生法第66条に基づく事業者の法的義務です。法律の規定は以下の通りです。

📜 労働安全衛生法第66条（健康診断）

「事業者は、労働者に対し、厚生労働省令で定めるところにより、医師による健康診断を行わなければならない。」

第2項では、有害な業務に従事する労働者等への特別の健康診断についても規定されています。事業者は健康診断を実施する義務があり、労働者は事業者が実施する健康診断を受ける義務があります（第5項）。

実施義務の対象となる事業場

労働安全衛生法は、業種・規模を問わず、労働者を雇用する全ての事業場に適用されます。1人でも労働者を雇用していれば、健康診断の実施義務があります。

法人・個人事業主の区別なく適用
業種を問わず適用（製造業・サービス業・飲食業など全て）
事業場の規模を問わず適用（従業員1人でも対象）
正社員・パート・アルバイトの区別なく対象（条件あり、後述）

健康診断の5つの種類｜会社が実施すべき全体像

労働安全衛生法に基づく健康診断は、大きく「一般健康診断」と「特殊健康診断」に分類され、全部で5種類あります。

一般健康診断（5種類）

種類	対象者	実施時期	根拠
雇入時健診	新規採用者全員	採用時	安衛則第43条
定期健診	常時使用労働者	1年以内ごとに1回	安衛則第44条
特定業務従事者健診	深夜業・有害業務従事者	配置替え時・6ヶ月以内ごと	安衛則第45条
海外派遣労働者健診	6ヶ月以上海外派遣者	派遣前・帰国後	安衛則第45条の2
給食従業員の検便	給食業務従事者	雇入時・配置替え時	安衛則第47条

雇入時健診の項目（11項目）

既往歴及び業務歴の調査
自覚症状及び他覚症状の有無の検査
身長・体重・腹囲・視力・聴力の検査
胸部エックス線検査
血圧の測定
貧血検査（血色素量・赤血球数）
肝機能検査（GOT・GPT・γ-GTP）
血中脂質検査（LDL・HDL・中性脂肪）
血糖検査
尿検査（糖・蛋白）
心電図検査

定期健診との違い

定期健診は項目が少し異なります。具体的には、定期健診では医師が必要と判断した場合、省略可能な項目があります（貧血・肝機能・血中脂質・血糖・心電図は40歳未満では医師判断で省略可）。雇入時健診では原則として11項目すべてを実施します。

特殊健康診断

有害な業務に従事する労働者への特別の健康診断です。対象業務ごとに検査項目が異なります。

対象業務	実施頻度	根拠法令
有機溶剤業務	6ヶ月以内ごと	有機則第29条
鉛業務	6ヶ月以内ごと	鉛則第53条
特定化学物質業務	6ヶ月以内ごと	特化則第39条
放射線業務	6ヶ月以内ごと	電離則第56条
粉じん作業（じん肺健診）	管理区分に応じて1〜3年	じん肺法
石綿（アスベスト）業務	6ヶ月以内ごと（過去従事者含む）	石綿則第40条

対象者の範囲｜常時雇用労働者の判断基準

「常時雇用労働者」の定義

定期健診の対象は「常時使用する労働者」です。正社員だけでなく、以下の条件を満たすパート・アルバイトも含まれます。

💡 パート・アルバイトへの実施義務

常時使用する労働者と判断される基準：
①期間の定めのない契約（1年以上継続雇用、または1年以上継続予定）であり、かつ、
②週の所定労働時間が正社員の4分の3以上であること

2つの要件をどちらも満たすパート・アルバイトは定期健診の対象となります。週所定労働時間が正社員の2分の1以上4分の3未満の場合は、法的義務ではないものの実施が推奨されます。

役員の扱い

会社役員（取締役・監査役）は労働者ではないため、法律上の実施義務対象外です。ただし、以下のケースでは対象となることがあります。

使用人兼務役員：従業員としての立場を併せ持つため、その部分で対象
実務上のリスク回避：役員の健康状態が経営に影響するため、多くの企業では役員も実施

家族・配偶者

従業員の家族・配偶者は対象外です。企業の健康配慮義務は、雇用関係にある従業員のみに及びます。

健康診断の費用負担｜全額会社負担が原則

厚生労働省の公式見解

健康診断費用の負担について、厚生労働省は以下のように明言しています。

📊 厚生労働省の見解

「労働安全衛生法等で事業者に義務付けられている健康診断の費用は、法により、事業者に健康診断の実施が義務付けられている以上、当然に事業者が負担すべきものとされています。」
（出典：厚生労働省労働基準よくある質問FAQ）

すなわち、法定の健康診断（一般健診5種類・特殊健診）の費用は全額会社負担が原則です。従業員からの自己負担を求めることは、労働基準法第24条（賃金全額払い）違反のリスクもあります。

費用負担の対象範囲

項目	会社負担	備考
法定健診の基本項目費用	◯ 必須	会社が全額負担（厚労省見解）
特殊健診の検査費用	◯ 必須	業務起因のため全額会社負担
法定外のオプション検査	△ 任意	胃カメラ・脳ドック等は自己負担が通常
人間ドックへの上乗せ費用	△ 任意	法定健診額のみ会社負担・差額は自己負担が一般的
健診受診のための交通費	△ 任意	会社負担するケースが多いが法的義務はない
受診にかかる時間の賃金	△ ケースによる	一般健診は労使協議、特殊健診は労働時間として賃金支払いが必要

健診の実施時間と賃金

健診を受診する時間の扱いは、種類により異なります。

一般健康診断：業務との直接関連がないため、受診時間の賃金は労使協議で決定（通常は有給扱い）
特殊健康診断：業務遂行に関連するため、労働時間として取り扱い、時間外実施の場合は割増賃金必須（昭和47年9月18日基発第602号）

健康診断の費用相場｜1人あたり3,000〜15,000円

健診種類別の費用相場

健診種類	1人あたり費用	備考
雇入時健診（11項目）	8,000〜12,000円	全項目実施のため高め
定期健診（一般）	5,000〜10,000円	年齢・項目数で変動
定期健診（40歳未満・省略項目あり）	3,000〜6,000円	若年労働者は項目省略可
特定業務従事者健診	5,000〜10,000円	6ヶ月ごとのため年2回
特殊健診（業種による）	5,000〜20,000円	検査項目により大きく変動
海外派遣労働者健診	10,000〜15,000円	追加項目あり
給食従業員検便	1,500〜3,000円	検便のみ

※ 医療機関・地域・健保組合の補助により変動します。正確な金額は事前見積りを推奨。

費用を抑える3つの方法

健診費用の削減には、以下の方法があります。

全国健康保険協会（協会けんぽ）の生活習慣病予防健診：35歳以上の被保険者は、自己負担約7,038円で実施可能。会社負担も軽減
健保組合の補助制度：各健康保険組合が独自の補助制度を設けているケース。所属組合に確認
団体契約・巡回健診：人数が多い場合、巡回健診バスや団体契約で単価を下げられる

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労基署への報告義務｜常時50人以上の事業場

報告義務の対象

常時50人以上の労働者を使用する事業場は、定期健康診断結果報告書を所轄労働基準監督署長に提出する義務があります（労働安全衛生法第100条、安衛則第52条）。

報告書の内容と提出時期

報告書名：定期健康診断結果報告書（様式第6号）
報告内容：健診実施年月日、受診者数、有所見者数、異常所見項目別人数、医師意見聴取状況
提出時期：健診実施後、遅滞なく
提出先：所轄労働基準監督署長
提出方法：書面または電子申請（e-Gov）

特殊健診の報告義務

特殊健康診断の結果は、事業場の規模にかかわらず、全ての事業者が報告義務を負います。定期健診結果報告書とは別様式です。

健診結果後の対応｜会社の義務5項目

健診を実施するだけでなく、結果への対応も会社の重要な義務です。

義務1：健診結果の記録（5年間保存）

健診結果は、健康診断個人票に記録し、5年間保存する義務があります（安衛則第51条）。特殊健診の結果は30年間（石綿等）保存が必要な場合があります。

義務2：異常所見者への医師意見聴取

健診結果で異常所見（有所見）があった労働者について、医師の意見を聴取する義務があります（労働安全衛生法第66条の4）。意見は健康診断個人票に記録します。

義務3：必要な就業上の措置

医師意見に基づき、必要な措置を講じる義務があります（第66条の5）。

就業場所の変更
作業の転換
労働時間の短縮
深夜業の回数減少
昼間勤務への転換

義務4：本人への結果通知

健診結果は、遅滞なく本人に通知する義務があります（第66条の6）。書面または電子的方法で交付します。

義務5：保健指導の実施努力

有所見者には、医師・保健師による保健指導を行うよう努める義務があります（第66条の7）。努力義務ですが、健康経営の観点から積極的実施が推奨されます。

衛生委員会・産業医｜常時50人以上の事業場の追加義務

常時50人以上の労働者を使用する事業場には、健康診断に加えて以下の義務があります。

衛生委員会の設置義務

労働安全衛生法第18条により、常時50人以上の事業場は衛生委員会の設置が義務化されています。

項目	内容
対象規模	常時50人以上（業種不問）
構成メンバー	総括安全衛生管理者等、衛生管理者、産業医、衛生に関し経験ある労働者
開催頻度	毎月1回以上
審議事項	労働者の健康障害の防止、健康保持増進策、過重労働対策、メンタルヘルス対策など
記録	議事概要を3年間保存

産業医の選任義務

労働安全衛生法第13条により、常時50人以上の事業場は産業医の選任が義務化されています。

選任期限：事業場に該当する事由が発生してから14日以内
選任報告：所轄労働基準監督署長に選任報告書を提出
職務：健康診断の実施・結果に基づく健康管理、就業上の措置の助言、衛生教育、健康障害の原因調査
訪問頻度：通常、月1回の定期訪問（1,000人未満の場合）

📢 50人ちょうど超えた場合の注意点

会社の従業員が50人を超えた瞬間、14日以内に産業医選任・衛生委員会の設置・衛生管理者の選任が必要になります。加えて、ストレスチェック制度の実施義務も発生します（労働安全衛生法第66条の10）。急速な従業員増加がある企業は、49人の段階から体制整備の準備を始めることが推奨されます。

健診実施義務違反の罰則

違反に対する罰則

健康診断の実施義務違反は、労働安全衛生法第120条により、50万円以下の罰金が科されます。

違反内容	罰則
定期健診の未実施	50万円以下の罰金（法第120条）
雇入時健診の未実施	50万円以下の罰金（法第120条）
特殊健診の未実施	50万円以下の罰金（法第120条）
労基署への報告書未提出	50万円以下の罰金（法第120条）
結果記録の保存義務違反	50万円以下の罰金（法第120条）
産業医未選任（50人以上）	50万円以下の罰金（法第120条）
衛生委員会未設置（50人以上）	50万円以下の罰金（法第120条）

また、健診未実施による労働者の健康障害が発生した場合、民事上の損害賠償責任（安全配慮義務違反）にも問われる可能性があります。

税務・経理処理｜健診費用の処理方法

法定健診費用の税務処理

📊 税務上の取扱い

企業側：法定健診費用は福利厚生費として全額損金算入可能。役員への健診も、全従業員を対象とする通常の社会通念上妥当な範囲であれば福利厚生費として損金算入可能。

従業員側：原則として給与課税なし。ただし、特定の役員・従業員のみを対象とする豪華な人間ドックなどは給与として課税されるリスクあり。

勘定科目：福利厚生費（社員全員対象の場合）または交際費（特定役員のみ対象の場合）
詳細は国税庁タックスアンサー「従業員の健康診断費用」を参照してください。

人間ドック費用の処理

人間ドックを会社が負担する場合、以下の条件をすべて満たせば福利厚生費として扱えます。

全従業員を対象とすること（特定役員のみはNG）
年齢制限（例：35歳以上全員）など客観的基準があること
費用が社会通念上妥当な範囲（通常10万円以下）

よくある質問（FAQ）

従業員が健診を拒否した場合どうすればいいですか？

労働安全衛生法第66条第5項により、労働者は事業者が実施する健康診断を受ける義務があります。拒否した場合は、就業規則に則った処罰の対象とすることができます。ただし、宗教上の理由や医師が認める特別な事情がある場合は例外です。代わりに、個人で受けた健診結果の提出を求める（同法同条第5項但書）方法もあります。

前職の健診結果を雇入時健診として使えますか？

雇入時から3ヶ月以内の健診結果を本人が提出する場合、該当項目については雇入時健診の省略が可能です（安衛則第43条但書）。3ヶ月を超える場合は、新たに実施が必要です。提出された健診結果は、健康診断個人票として記録保存してください。

パートや短時間労働者にも健診は必要ですか？

以下の条件を両方満たす場合、法的に実施義務があります。①期間の定めのない契約（または1年以上継続予定）、②週所定労働時間が正社員の4分の3以上。これより短い労働者（週所定労働時間が正社員の2分の1以上4分の3未満）は、法的義務ではないものの実施が推奨されます。それ未満（週所定労働時間が2分の1未満）は対象外です。

健診結果で「要精密検査」と出た従業員への対応は？

まず、医師の意見を聴取する義務があります（法第66条の4）。次に、本人に二次健診受診を勧奨し、必要に応じて就業場所変更・作業転換・労働時間短縮などの措置を講じます。二次健診の費用は、原則として自己負担ですが、労災保険の「二次健康診断等給付」を利用できるケースもあります（脳・心臓疾患の一次検査で異常所見があった場合）。

オプション検査（胃カメラ・脳ドック等）の費用は会社負担ですか？

法定項目外のオプション検査は、会社負担の義務はありません。多くの企業では自己負担としています。ただし、全従業員を対象に一律で補助するケース（例：35歳以上に胃カメラ補助1万円）は福利厚生費として処理可能です。役員のみを対象とする補助は給与課税のリスクがあります。

健診の時間を勤務時間として扱うべきですか？

一般健診（定期健診・雇入時健診など）は業務との直接関連がないため、受診時間の賃金は労使協議で決定できます。通常は有給扱いとする企業が多いです。特殊健診は労働時間として扱う義務があり、時間外実施の場合は割増賃金の支払いが必要です（昭和47年9月18日基発第602号）。

健診結果をもとに、疾病を理由に解雇できますか？

健診結果のみを理由とした解雇は、原則として不当解雇となるリスクが高いです。就業に支障がある疾病の場合、就業場所変更・作業転換・労働時間短縮などの配慮義務があります（法第66条の5）。これらの配慮を尽くしても就業不能な場合に、就業規則の休職制度を適用するのが通常のプロセスです。

健診費用を会社が負担しないと、即違反になりますか？

法律上、健診費用の負担者は明文規定されていませんが、厚生労働省の公式見解として「事業者負担が当然」とされており、従業員に費用負担を求めると労基法第24条（賃金全額払い）違反のリスクがあります。実務上、費用を従業員に負担させる企業は極めて少なく、労基署の調査でも指導対象となります。

📋 この記事のポイント

労働安全衛生法第66条により、全ての事業者に健康診断の実施義務がある
一般健診は5種類（雇入時・定期・特定業務・海外派遣・給食従業員）、特殊健診は業務別
対象は常時雇用労働者。週所定労働時間が正社員の3/4以上のパートも含む
健診費用は全額会社負担が原則（厚生労働省公式見解）
費用相場は1人3,000〜15,000円（年齢・項目数で変動）
常時50人以上の事業場は定期健診結果を労基署に報告。特殊健診は全事業場で報告
常時50人以上の事業場は衛生委員会設置・産業医選任の追加義務あり
未実施には50万円以下の罰金。健康障害が発生すれば民事賠償責任も