「FBAに預けた在庫も棚卸しないといけないの？」「売れ残りは評価を下げて節税できる？」と悩んでいるEC事業者に向けて、棚卸の全対象・評価方法・低価法の活用・せどりの在庫管理・ポイント処理まで完全ガイドします。この記事を読めば、決算・確定申告で在庫の計上漏れや評価ミスを防げます。
🏆 結論：EC事業者の棚卸は「6つの在庫」を全て数えるのが基本
ネットショップの棚卸では、自社倉庫の在庫だけでなく、FBAに預けた在庫・配送中の商品・仕入れたが届いていない未着品・返品処理中の商品・委託先にある在庫の6カ所を全て数える必要があります。在庫の評価は「最終仕入原価法」が最も簡単ですが、値下がりした商品は「低価法」で評価損を計上して節税できます。
棚卸とは、期末時点で手元にある商品の数量と金額を確認する作業です。EC事業者の場合、在庫が複数の場所に分散しているため、「自社倉庫を数えて終わり」ではありません。
| 在庫の場所 | 具体例 | 棚卸方法 | 証跡 |
|---|---|---|---|
| ①自社倉庫・自宅 | 自分で保管している商品 | 実地棚卸（目視で数える） | 棚卸表（品名・数量・単価） |
| ②FBA倉庫（Amazon） | Amazonに預けた在庫 | セラーセントラルの在庫レポート | 期末日の在庫レポートをPDF保存 |
| ③配送中の商品 | 出荷済み・まだ届いていない商品 | 出荷データから抽出 | 配送業者の追跡番号リスト |
| ④未着品（仕入先から届いていない） | 発注済み・まだ届いていない仕入品 | 発注書・請求書で確認 | 発注書のコピー＋入金証明 |
| ⑤返品処理中 | 返品されて検品待ちの商品 | 返品データから抽出 | 返品受付リスト |
| ⑥委託先（外部倉庫） | 3PL業者に預けた在庫 | 委託先の在庫レポート | 委託先発行の残高証明 |
⚠️ 注意：FBA在庫の計上漏れは税務調査で最も指摘されるポイント
FBAに預けた在庫は自分の手元にないため、棚卸で数え忘れるEC事業者が非常に多いです。しかし、FBA倉庫にある商品は法的にはあなたの在庫です。期末にセラーセントラルから在庫レポートをダウンロードして、棚卸表に含めてください。
💡 実務のポイント
EC事業者の顧問先で棚卸の計上漏れが発覚するケースの8割は「FBA在庫」と「未着品」です。特に海外から商品を仕入れている場合、期末前に発注した商品が翌期に届くと「未着品」として当期の在庫に含める必要があります。仕入先への代金支払い済みであれば、その商品の所有権は自分にあります。
在庫の評価方法は、税務署に届け出る必要があります。届出をしない場合は「最終仕入原価法」が自動的に適用されます（法定評価方法）。変更する場合は「棚卸資産の評価方法の変更承認申請書」を、変更する事業年度の開始日の前日までに提出します。
| 評価方法 | 計算のしくみ | EC事業での使いやすさ | メリット | デメリット |
|---|---|---|---|---|
| 最終仕入原価法 | 期末に最も近い仕入単価で全在庫を評価 | ◎ 最も簡単 | 計算が楽・届出不要 | 仕入単価の変動が大きいと不正確 |
| 総平均法 | 期首在庫＋当期仕入の平均単価で評価 | ○ 仕入頻度が高い場合に有効 | 仕入単価の変動を平準化 | 期末まで単価が確定しない |
| 移動平均法 | 仕入れるたびに平均単価を再計算 | ○ リアルタイム管理に適する | 随時正確な原価がわかる | 仕入のたびに計算が必要 |
| 個別法 | 商品1点ずつの実際仕入価格で評価 | △ 高単価・少量品向け | 最も正確 | SKUが多いと運用困難 |
SKUが数百〜数千点に及ぶEC事業者にとって、個別法や移動平均法は運用負荷が高すぎます。最終仕入原価法で基本の評価を行い、値下がりした商品には低価法を適用して評価損を計上するのが、実務的なベストプラクティスです。
低価法とは、仕入原価と期末時点の時価（正味売却価額）を比較し、低い方を在庫の評価額とする方法です。仕入原価500円の商品が、期末時点で300円でしか売れない場合、300円で評価し、差額200円を「商品評価損」として費用に計上します。
📐 シミュレーション前提条件
| 項目 | 原価法の場合 | 低価法の場合 | 差額 |
|---|---|---|---|
| 期末在庫評価額 | 50,000円 | 30,000円 | ▲20,000円 |
| 商品評価損 | 0円 | 20,000円 | ＋20,000円 |
| 売上原価への影響 | — | 20,000円増加 | 利益20,000円減少 |
| 節税効果（税率30%） | — | 6,000円 | — |
※概算値です。個別の状況により異なります。正確な計算は税理士にご相談ください。
低価法を適用するには、以下の2つの要件を満たす必要があります。第一に、税務署に「棚卸資産の評価方法の届出書」で低価法を届け出ていること。第二に、期末時点の正味売却価額（販売予定価格−販売にかかる費用）が取得原価を下回っている客観的な証拠があることです。
EC事業の場合、Amazonや楽天での販売価格が客観的な「時価」の根拠になります。期末日のスクリーンショットを保存しておけば、税務調査でも対応できます。
AYUSAWA PARTNERS
EC事業の棚卸・確定申告のご相談は鮎澤パートナーズへ
初回相談無料。公認会計士・税理士・社労士・行政書士がワンストップで対応します。
EC・ネットショップに強い税理士へAmazonセラーセントラルの「在庫」→「在庫レポート」→「全在庫の管理」から、期末日時点の在庫データをダウンロードできます。レポートにはSKU別の数量が記載されているため、これに単価を掛けて在庫金額を算出します。
| FBA在庫の区分 | 内容 | 棚卸への計上 |
|---|---|---|
| 販売可能在庫 | すぐに販売できる状態の商品 | 通常の在庫として計上 |
| 予約在庫（出荷準備中） | 注文を受けて出荷準備に入った商品 | 出荷基準なら売上計上済み→在庫から除外 |
| 返品処理中 | 返品されてAmazonが検品中の商品 | 検品完了まで在庫に含める |
💡 実務のポイント
FBAの在庫レポートは期末日の翌日にダウンロードするのがベストです。期末日当日だと出荷処理中のデータがリアルタイムで変動するため、翌日にダウンロードして「期末日時点の在庫」として確定させます。レポートのPDFとCSVの両方を保存しておけば、税務調査でも対応できます。
売れ残った在庫を放置すると、在庫金額が資産として計上され続け、利益（課税所得）が実態より大きくなります。不良在庫の処分方法は主に3つあります。
| 処分方法 | 会計処理 | 税務上の取扱い |
|---|---|---|
| 値下げ販売 | 通常の売上として計上（低い売価で） | 売上原価との差額が実質的な損失に反映 |
| 廃棄 | 棚卸資産廃棄損として費用計上 | 廃棄の事実を証明する書類が必要 |
| 低価法で評価損計上 | 商品評価損として費用計上 | 低価法の届出＋時価の客観的根拠が必要 |
廃棄する場合は、廃棄した日付・商品名・数量・金額を記録した「廃棄証明書」を自社で作成し、廃棄の写真も残しておくのが安全です。FBAの場合はAmazonの「所有権の放棄依頼」レポートが廃棄証明になります。
せどり・転売事業は仕入先が多岐にわたり、商品の単価もバラバラなため、在庫評価が複雑になりがちです。以下の3点を意識してください。
第一に、仕入金額の記録を徹底することです。ブックオフやメルカリで仕入れた場合でも、レシートやスクリーンショットを必ず保存します。仕入金額が不明だと、税務調査で売上原価が認められないリスクがあります。
第二に、個人用と事業用の在庫を明確に分離することです。自分が使うために買った本やゲームと、転売目的で仕入れた商品は別物です。「後から転売目的に変更した」は通用しません。
第三に、年末の在庫を必ず数えることです。12月31日時点（個人事業主の場合）で手元にある未販売の商品は全て棚卸資産です。在庫を数えないと、仕入れた分が全て経費になり、税務調査で全額否認される可能性があります。
| チェック項目 | 具体的な対応 | 証跡 |
|---|---|---|
| 全仕入先のレシート・領収書を保存したか | 実店舗→レシート、ネット仕入→注文履歴のスクリーンショット | レシート原本 or 画像ファイル |
| 12月31日の在庫を数えたか | 品名・数量・仕入単価を一覧表にまとめる | 棚卸表（手書き or Excel） |
| FBA・メルカリの在庫も含めたか | 各プラットフォームの在庫レポートをダウンロード | 在庫レポートのPDF |
| 送料・手数料を仕入原価に含めたか | 商品ごとの仕入原価＝本体価格＋送料 | 仕入先からの請求書 |
| 個人使用分と事業用在庫を分離したか | 転売目的の商品だけを棚卸資産に計上 | 仕入帳の備考欄に用途を記載 |
フリーランス・個人事業主の確定申告全般については「フリーランスの確定申告基礎知識」で解説しています。
自社ECサイトで購入者にポイントを付与する場合、付与時点ではまだ費用は発生しません。ポイントが使われた時点で「売上値引き」として処理するのが一般的です。ただし、期末時点で未使用のポイントが大量にある場合は「ポイント引当金」として負債に計上することも検討します。
購入者がポイントを使って商品を購入した場合、ポイント利用分は売上値引きとして扱います。たとえば10,000円の商品を1,000ポイント（1,000円分）使って9,000円で購入した場合、売上は10,000円を計上し、ポイント値引き1,000円を差し引く方法が一般的です。
仕入時にポイントを使った場合の扱いには注意が必要です。たとえば、メルカリで5,000円の商品を500ポイント使って4,500円で購入した場合、仕入原価は4,500円（実際に支出した金額）とする方法と、5,000円（ポイント使用前の金額）とする方法の2つが考えられます。実務上は「実際の支出額」で仕入原価を計上する方法が一般的です。
売上計上の基本ルールについては「ECサイトの売上計上ガイド」で詳しく解説しています。飲食店を兼業している場合は「飲食店開業の届出ガイド」も参考にしてください。不動産収入がある場合は「不動産賃貸所得の計算方法」もあわせてご覧ください。
棚卸作業は以下の5ステップで進めます。個人事業主は12月31日、法人は決算月末が棚卸日です。
| ステップ | 作業内容 | タイミング |
|---|---|---|
| ①出荷停止 | 棚卸日の出荷を一時停止（数え間違い防止） | 期末日当日 |
| ②実地棚卸 | 自社倉庫の商品を全数カウント | 期末日当日〜翌日 |
| ③外部在庫の確認 | FBA・3PL・配送中・未着品のデータ取得 | 期末日翌日 |
| ④金額の算出 | 数量×評価単価で在庫金額を確定 | 期末後1週間以内 |
| ⑤帳簿との照合 | 帳簿上の在庫数量と実地棚卸数量の差異を確認 | 期末後1週間以内 |
📊 公認会計士の視点
帳簿在庫と実地在庫の差異（棚卸差異）が発生した場合、その原因を調査し記録しておくことが重要です。差異の原因が「記帳漏れ」なのか「盗難・紛失」なのかによって会計処理が変わります。差異が売上の1%を超える場合は、在庫管理体制の見直しが必要です。
📋 この記事のポイント
ネットショップの棚卸は、在庫が分散しているEC事業特有の難しさがあります。FBA在庫や未着品の計上漏れを防ぎ、低価法を活用して適正な節税を行うために、EC事業に詳しい税理士のサポートを受けることをおすすめします。
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