「事業用不動産を売却して買い換えたい」「道路拡張で土地が収用された」──こうした場面で使えるのが租税特別措置法上の圧縮記帳です。本記事では、3号買換え特例の圧縮限度額計算から、収用の5,000万円控除との有利選択、令和5年度改正の届出書まで、実務に必要な情報をまとめて解説します。
🏆 結論：措置法上の圧縮記帳は「不動産の売却益」を繰り延べる強力な制度
租税特別措置法上の圧縮記帳は、事業用資産の買換えや収用などの場面で譲渡益の最大80%を圧縮し、課税を将来に繰り延べる制度です。法人税法上の圧縮記帳（国庫補助金等）とは異なり、適用期限があり、令和8年3月31日までの譲渡が対象です。また令和6年4月以降は届出書の提出が新たな適用要件になった点にも注意が必要です。中小企業が最も多く利用するのは3号買換え（10年超所有の不動産の買換え）で、圧縮割合は原則80%ですが、譲渡・取得資産の所在地により70%・60%に下がる場合があります。
圧縮記帳は法人税法と租税特別措置法の両方で規定されていますが、それぞれ趣旨が異なります。法人税法上の圧縮記帳（国庫補助金・保険差益・交換など）は「外部から受け取った収益に対する一時的な課税を回避する」ことが目的です。一方、措置法上の圧縮記帳は「政策的に特定の資産の入替えや土地の有効利用を促進する」ことが目的であり、適用期限付きの時限措置です。
法人税法上の圧縮記帳については「圧縮記帳とは？法人税法上の6パターンと仕訳・申告手順」で詳しく解説しています。
| 比較項目 | 法人税法の圧縮記帳 | 措置法の圧縮記帳 |
|---|---|---|
| 根拠法令 | 法人税法第42条〜第50条 | 租税特別措置法第64条〜第65条の7等 |
| 適用期限 | なし（恒久措置） | あり（令和8年3月31日まで等） |
| 主な対象 | 補助金・保険差益・交換 | 買換え・収用・換地処分 |
| 他の租特法特例との併用 | ○ 併用可能 | × 原則不可（特別償却・税額控除と同時適用不可） |
| 届出書の要否 | 不要 | 買換え特例は令和6年4月〜届出必要 |
⚠️ 注意
措置法上の圧縮記帳を適用した資産には、同じく租税特別措置法に基づく特別償却・税額控除は原則として適用できません。つまり、買換え特例で圧縮記帳した建物に対して、中小企業経営強化税制の税額控除を重ねて適用することはできないということです。どちらが有利かは事前にシミュレーションが必要です。
租税特別措置法第65条の7に規定される「特定資産の買換えの圧縮記帳」は、一定の要件を満たす資産を譲渡し、新たな資産を取得した場合に課税を繰り延べる制度です。現行法では4つの買換え類型があります。
| 類型 | 内容 | 圧縮割合 | 適用期限 |
|---|---|---|---|
| 1号 | 航空機騒音障害区域の内から外への買換え | 80%（第二種区域は70%） | 令和8年3月31日 |
| 2号 | 既成市街地等・人口集中地区内の買換え（都市計画事業に伴う） | 80% | 令和8年3月31日 |
| 3号 | 長期所有資産（10年超）の買換え | 原則80%（地域により60〜70%） | 令和8年3月31日 |
| 4号 | 日本船舶から日本船舶への買換え | 80% | 令和8年3月31日 |
中小企業の不動産取引で最も利用頻度が高いのは3号買換え（長期所有資産の買換え）です。以前は「9号買換え」と呼ばれていましたが、平成29年度税制改正で号数が変更されています。
3号買換えの適用を受けるには、譲渡資産・買換資産のそれぞれが以下の要件を満たす必要があります。
譲渡資産の要件：所有期間が10年を超える国内にある土地等・建物・構築物であること。棚卸資産は対象外です。短期所有に係る土地重課制度の適用がある土地等でないこと。収用・贈与・交換・出資等による譲渡でないこと。
買換資産の要件：国内にある土地等・建物・構築物であること。譲渡した事業年度（前後1年以内を含む）に取得し、取得日から1年以内に事業の用に供すること。買換資産が土地等の場合は、特定施設の敷地で面積300㎡以上であること。譲渡資産の土地面積の5倍以内であること。
💡 実務のポイント
買換資産が「土地のみ」の場合、300㎡以上かつ特定施設（事務所等）の敷地であることが条件です。更地のまま駐車場にするだけでは原則として認められませんが、建物の建築が進行中などの「やむを得ない事情」がある場合は例外的に認められます。この「やむを得ない事情」は所定の書類で明らかにする必要があるため、買換え計画の段階から証拠書類を整備しておくことが重要です。
3号買換えの圧縮割合は原則80%ですが、譲渡資産と買換資産の所在地の組み合わせによって異なります。
| 譲渡資産の所在地 | 買換資産の所在地 | 圧縮割合 |
|---|---|---|
| 集中地域外 | 集中地域外 | 80% |
| 集中地域内 | 集中地域内 | 80% |
| 集中地域内 | 集中地域外 | 80% |
| 集中地域外 | 集中地域内（本店移転を伴う） | 60% |
| 集中地域外 | 集中地域内（本店移転なし） | 70% |
「集中地域」とは、地域再生法施行令第5条に規定される首都圏・近畿圏・中部圏の一定の地域を指します。東京23区は集中地域に該当します。地方にある不動産を売却して東京23区内の不動産を取得する場合は、圧縮割合が60%〜70%に制限される点に注意してください。
📐 シミュレーション前提条件
圧縮基礎取得価額 = 買換資産の取得価額（6億円）と譲渡対価（5億円）のうち少ない方 = 5億円
差益割合 =（譲渡対価5億円 −（簿価1.2億円 + 譲渡経費0.2億円））÷ 譲渡対価5億円 = 3.6億円 ÷ 5億円 = 0.72
圧縮限度額（圧縮割合80%の場合）= 5億円 × 0.72 × 80% = 2億8,800万円
| 項目 | 圧縮記帳なし | 圧縮記帳あり（80%） |
|---|---|---|
| 譲渡益 | 3億6,000万円 | 3億6,000万円 |
| 圧縮損 | 0円 | 2億8,800万円 |
| 課税所得への影響 | +3億6,000万円 | +7,200万円 |
| 概算法人税等 | 約1億800万円 | 約2,160万円 |
| 買換資産の圧縮後帳簿価額 | 6億円 | 3億1,200万円 |
※概算値です。個別の状況により異なります。正確な計算は税理士にご相談ください。
圧縮記帳を適用することで、譲渡年度の法人税等が約8,640万円軽減されます。ただし、買換資産の帳簿価額が3億1,200万円に圧縮されるため、将来の減価償却費が小さくなり、売却時には圧縮した分だけ譲渡益が大きくなる点を忘れないでください。
法人の資産が公共事業で収用された場合、「代替資産の圧縮記帳（措法64条）」と「5,000万円の特別控除（措法65条の2）」のどちらかを選択適用できます。同じ公共事業について両方を併用することはできません。
| 比較項目 | 代替資産の圧縮記帳 | 5,000万円の特別控除 |
|---|---|---|
| 課税の性質 | 課税の繰り延べ（将来課税される） | 永久免税（5,000万円まで非課税） |
| 金額の制限 | 制限なし（譲渡益全額を繰り延べ可能） | 暦年5,000万円まで |
| 代替資産の取得 | 必要（原則2年以内に取得） | 不要 |
| 申出から6ヶ月の要件 | なし | あり（最初の買取り申出から6ヶ月以内に譲渡） |
| 複数年にまたがる場合 | 各年度で適用可能 | 最初の年のみ適用 |
| 状況 | 推奨される選択 | 理由 |
|---|---|---|
| 譲渡益が5,000万円以下で代替資産の予定なし | 5,000万円控除 | 全額非課税になる。代替資産不要で手続きも簡単 |
| 譲渡益が5,000万円超で代替資産を取得予定 | 代替資産の圧縮記帳 | 5,000万円を超える譲渡益も全額繰り延べ可能 |
| 譲渡益が5,000万円超だが代替資産の予定なし | 5,000万円控除 | 圧縮記帳には代替資産が必要。5,000万円分は非課税にできる |
| 譲渡益が1億円超で将来の売却予定なし | 代替資産の圧縮記帳 | 1億円の譲渡益を5,000万円控除では半分しかカバーできない |
📊 公認会計士の視点
圧縮記帳と5,000万円控除の有利選択は、単純に「譲渡益の金額」だけで判断してはいけません。代替資産を取得して圧縮記帳した場合、将来の減価償却費が小さくなるため、毎期の課税所得が増加します。10年〜20年のスパンでのキャッシュフローシミュレーションを行い、現在価値ベースで比較することをおすすめします。特に、代替資産を将来売却する可能性がある場合は、売却時に繰り延べた課税が一気に実現する点も考慮してください。
令和5年度税制改正により、令和6年4月1日以降の特定資産の買換え（措法65条の7）については、新たに「届出書」の提出が適用要件に追加されました。
提出期限は、譲渡資産の譲渡日（買換資産を先に取得した場合は取得日）の属する「四半期」の末日の翌日から2ヶ月以内です。
ここで「四半期」とは、事業年度を開始日から3ヶ月ごとに区分した各期間を指します。たとえば3月決算法人の場合、四半期は4〜6月・7〜9月・10〜12月・1〜3月となります。
| 3月決算法人の場合 | 譲渡日 | 四半期末日 | 届出書の提出期限 |
|---|---|---|---|
| Q1 | 4月〜6月中 | 6月30日 | 8月31日 |
| Q2 | 7月〜9月中 | 9月30日 | 11月30日 |
| Q3 | 10月〜12月中 | 12月31日 | 2月末日 |
| Q4 | 1月〜3月中 | 3月31日 | 5月31日 |
📢 令和5年度税制改正のポイント
この届出書の提出を忘れると買換え特例の適用が受けられなくなります。特に、譲渡と買換資産の取得が別の四半期にまたがる場合、最初のイベント（譲渡日または取得日の早い方）の属する四半期を起点に提出期限を計算してください。不動産の売買契約を締結した段階で、すぐに届出書の提出スケジュールを確認する習慣をつけましょう。
措置法上の圧縮記帳を適用する場合、確定申告書に対応する別表13を添付します。
別表13(4): 収用等に伴い取得した資産の圧縮額（措法64条）。別表13(5): 特定の資産の買換えにより取得した資産の圧縮額（措法65条の7）。別表13(6): 収用換地等の場合の所得の特別控除（措法65条の2、5,000万円控除）。
譲渡した事業年度に買換資産を取得できない場合は、「特別勘定」を設定して課税の繰り延べを行います。特別勘定の設定には、譲渡年度の確定申告書に買換資産の取得予定時期・取得見込額等を記載する必要があります。取得が翌事業年度以降になる場合、やむを得ない事情がある場合に限り、税務署長の承認を受けて最長3年間まで取得期限を延長できます。
法人決算の申告書作成の全体像は「法人決算の流れと手順を完全解説」で解説しています。
措置法上の圧縮記帳は時限措置であり、現行の適用期限は令和8年3月31日です。税制改正で延長される可能性はありますが、延長が確定するまでは期限内に譲渡・取得を完了する計画を立ててください。
買換え特例で圧縮記帳した買換資産には、特別償却や税額控除（中小企業経営強化税制、投資促進税制など）は原則として適用できません。設備投資減税と買換え特例を同時に検討している場合は、どちらの恩恵が大きいかを比較したうえで選択してください。
特別償却と税額控除の詳細は「特別償却と税額控除の違いと有利選択」をご覧ください。
圧縮記帳を適用した買換資産を1年以内に事業の用に供しなかった場合、圧縮記帳により損金算入した金額を取り崩して益金に算入しなければなりません。ただし、災害等のやむを得ない事情による場合は取戻しが免除されます。
法人税法上の圧縮記帳と同様に、措置法上の圧縮記帳でも償却資産税（固定資産税）は圧縮前の本来の取得価額で課税されます。建物については固定資産税の評価額は別途算定されますが、機械装置等の償却資産については、圧縮前の取得価額で申告する必要があります。
減価償却全般の基礎知識は「減価償却とは？基礎知識と計算方法・仕訳まで完全解説」をご覧ください。
📋 この記事のポイント
措置法上の圧縮記帳は、不動産の売却益が大きい場合に多額の税負担を繰り延べられる強力な制度です。ただし、要件が非常に細かく、届出書の提出期限の管理も必要なため、不動産の売却を検討する段階で早めに税理士に相談してください。
