所得税の税務調査2026/1/20

【税理士×社労士が解説】源泉所得税の税務調査｜源泉徴収漏れの指摘パターンと対策

監

鮎澤パートナーズ代表　鮎澤竜哉
公認会計士第47928号・税理士第159175号・社会保険労務士第13240067号・行政書士第24061284号
年間100社以上の法人決算・会社設立・税務調査対応を支援。

源泉所得税の税務調査｜源泉徴収漏れの指摘パターンと対策

源泉所得税の税務調査は法人税・消費税とは別の切り口で行われ、給与認定・報酬料金の徴収漏れ・非居住者課税・現物給与など独自の論点があります。不納付加算税10%・延滞税のペナルティ計算、グロスアップ方式での追加納付、源泉徴収義務者の責任範囲まで、実務目線で解説します。

🏆 結論：源泉所得税の調査は「源泉徴収義務の範囲」を正しく理解することが鍵

源泉所得税の税務調査で指摘される典型パターンは、①外注費が給与と認定される、②個人への報酬・料金の源泉徴収漏れ、③役員への現物給与の未把握、④非居住者への支払の源泉徴収漏れの4類型です。源泉徴収義務者は「支払者」であり、受取人が税務申告していても支払者の責任は消えません。日常の支払先台帳を整備し、源泉徴収対象の判定を契約時点で行うことが最大の予防策です。

源泉所得税の税務調査の特徴

源泉所得税の税務調査は、法人税・消費税の調査とは異なる独自の特徴があります。税務調査官は法人税担当と源泉所得税担当（国税局源泉所得税課等）が別チームになっているケースもあり、調査の切り口も別個に設定されます。

源泉所得税の税務調査が独立している理由

源泉所得税は「支払者（法人または個人事業主）が他人の所得税を徴収して納付する」制度で、法人税とは全く異なる法的構造を持ちます。所得税法第183条（給与所得の源泉徴収）・第204条（報酬料金の源泉徴収）などに基づく義務で、源泉徴収義務を怠った場合は、支払者自身が納税者として責任を負います。

調査で狙われやすい法人の特徴

源泉所得税の税務調査では、以下の特徴を持つ法人が調査対象になりやすい傾向があります。

外注費が多額・外注先が多い業種（建設業・IT・デザイン業など）
個人への報酬・料金支払が継続的（士業への顧問料・講師料など）
海外からの従業員受入・海外への派遣がある法人
役員への福利厚生が手厚い法人（社宅・社用車・保険料負担など）
過去に源泉徴収漏れの指摘を受けた法人
給与計算をアウトソーシング先の管理精度に依存している法人
売上規模に対して源泉税納付額が少ない法人

⚠️ 注意

源泉所得税の徴収漏れを指摘された場合、原則として支払者が源泉税を立替納付することになります。立替した源泉税を受取人から回収できなければ、支払者の実質的な損失となります。加えて不納付加算税10%・延滞税も支払者負担のため、1件の指摘で数百万円の支出となるケースがあります。

源泉徴収の対象となる所得の全体像

国税庁タックスアンサーNo.2792や所得税法第204条等で定められた、源泉徴収の対象となる主要な所得は以下の通りです。

所得の種類	主な支払先	源泉徴収税率
給与所得	役員・従業員	給与所得の源泉徴収税額表に基づく
退職所得	退職する役員・従業員	退職所得控除後の金額に累進税率
報酬・料金（1号）	原稿料・講演料・作曲料等	10.21%（100万円超部分は20.42%）
報酬・料金（2号）	弁護士・税理士・会計士・司法書士等	10.21%（100万円超部分は20.42%）
報酬・料金（3号）	プロスポーツ選手・モデル等	10.21%（100万円超部分は20.42%）
報酬・料金（4号）	外交員・集金人・電力量計検針人等	（支払金額−月12万円）×10.21%
報酬・料金（5号）	ホステス・コンパニオン等	（支払金額−控除額）×10.21%
報酬・料金（7号）	司法書士・土地家屋調査士・海事代理士	（支払金額−1万円）×10.21%
非居住者等所得	非居住者・外国法人	所得の種類により異なる（原則20.42%）
配当所得	株主（上場・非上場で異なる）	15.315%（上場）・20.42%（非上場）
利子所得	預金・貸付等の利子	15.315%

💡 実務のポイント

実務で注意すべきは、報酬・料金の源泉徴収は「支払先が個人」の場合のみ義務となる点です。法人に対する支払は原則として源泉徴収不要です（弁護士法人・税理士法人などへの支払も不要）。ただし、支払先が個人事業主として活動している場合は源泉徴収義務があるため、請求書の宛名や契約書の名義で判定する必要があります。インボイス導入後は登録番号からも判定できる場合があります。

源泉徴収漏れの4大指摘パターン

源泉所得税の税務調査で指摘される典型的なパターンを4つに分類します。

パターン1：外注費が給与と認定される

一人親方・個人事業主への支払を「外注費」として処理しているが、実態が雇用関係に近い場合、税務調査で「給与」と認定されるケースが最も頻出します。給与認定されると以下の影響が生じます。

給与として源泉所得税の徴収・納付義務（外注費では不要または10.21%）
消費税の仕入税額控除の否認（給与は課税仕入れに非該当）
社会保険加入義務の発生可能性
源泉徴収漏れに対する不納付加算税10%と延滞税

外注/給与の判定基準（再確認）

判定要素	外注費と認められやすい	給与と認定されやすい
代替性	他人に代替可能	本人のみ
時間拘束	自由に決められる	時間単位で拘束
指揮監督	具体的指示なし	細かな指示あり
報酬算定	成果物ベース（請求書発行）	時間・日当ベース（発注側が計算）
材料・道具	自己負担	発注側が支給
危険負担	やり直しは自己負担	不可抗力でも報酬支払

パターン2：個人への報酬・料金の源泉徴収漏れ

個人事業主・フリーランスへの各種報酬で、源泉徴収を失念するケースです。以下の典型例があります。

税理士・弁護士・会計士の顧問料（個人事務所の場合は源泉徴収必要）
講演料・研修講師料の支払
セミナー登壇者への謝礼
個人ライターへの原稿料
個人カメラマン・イラストレーター・デザイナーへの制作費
個人コンサルタントへのスポット相談料
司法書士への登記報酬（1万円控除後10.21%）
モデル・タレントへの出演料
プロスポーツ選手への協賛金

よくある誤り：法人事務所と個人事務所の混同

税理士事務所・弁護士事務所と契約する際、相手先が「税理士法人〇〇」なら法人格があるため源泉徴収不要、「〇〇税理士事務所」で個人事業なら源泉徴収必要、という区別が重要です。請求書の発行元の法人格・屋号を必ず確認してください。

パターン3：役員への現物給与の未把握

役員への現物支給（金銭以外の経済的利益）が「現物給与」として源泉徴収の対象となるケースが、税務調査で頻繁に指摘されます。

社宅家賃の過少負担（家賃相場との差額が現物給与）
社用車の私的利用（業務外使用分が現物給与）
生命保険料の会社負担（一部は現物給与）
個人旅行費用の会社負担
高額なゴルフクラブ会員権の取得と個人使用
役員個人の飲食代の会社負担
役員の自宅光熱費の会社負担

社宅家賃の適正負担額

役員社宅の場合、一定の計算式で算定される「賃貸料相当額」を役員から徴収する必要があります。賃貸料相当額より少ない家賃しか徴収していない場合、差額が現物給与として源泉徴収の対象になります。小規模住宅（耐用年数30年超の木造で99㎡以下、それ以外で132㎡以下）の賃貸料相当額は以下の計算式です。

📐 小規模住宅の賃貸料相当額

賃貸料相当額＝次の①〜③の合計額
①（その年度の建物固定資産税の課税標準額）×0.2%
②12円×（建物の総床面積／3.3㎡）
③（その年度の敷地固定資産税の課税標準額）×0.22%

パターン4：非居住者への支払の源泉徴収漏れ

海外の個人・法人（非居住者・外国法人）への支払は、国内居住者への支払と異なる源泉徴収ルールが適用されます。国税庁タックスアンサーNo.2878で定められた非居住者等所得の源泉徴収は、以下のパターンで漏れが生じやすい領域です。

海外のエンジニア・デザイナーへのリモートワーク報酬（国内源泉所得該当時）
海外のコンサルタントへの顧問料
海外子会社から日本への出張者の給与（日本勤務期間分）
海外からのライセンス料・ロイヤリティ支払
外国人タレント・講演者への出演料
海外法人への日本国内不動産の賃貸料
外国法人への日本国内での役務提供対価

非居住者への支払は原則20.42%の源泉徴収が必要ですが、租税条約に基づく軽減税率が適用できるケースもあります。ただし、軽減税率を適用するには「租税条約に関する届出書」を支払日の前日までに税務署へ提出する必要があり、手続不備があると軽減が認められません。

📢 リモートワーク時代の新しい論点

コロナ禍以降、海外からリモートワークするフリーランスとの契約が増加しました。「海外居住者が海外で作業している」場合でも、その業務が日本国内に帰属する事業に関するものであれば国内源泉所得と認定される可能性があります。海外のフリーランスと契約する際は、業務の内容・国内源泉所得該当性の判定を契約前に行うことが重要です。

不納付加算税と延滞税のペナルティ計算

源泉徴収漏れを指摘された場合の、ペナルティ計算方法を具体的に解説します。

不納付加算税

国税庁の事務運営指針に基づき、源泉所得税の不納付があった場合、以下の不納付加算税が課されます。

パターン	不納付加算税	対象
税務署指摘前の自主納付	本税×5%	調査通知前に気づいて納付
税務署指摘後の納付	本税×10%	税務調査で指摘された場合
仮装・隠蔽	重加算税35%	意図的な源泉徴収漏れと認定

不納付加算税が免除される条件

以下の場合は不納付加算税が免除または減免されます。

不納付加算税が5,000円未満の場合（所得の種類別・法定納期限別に判定）
法定納期限から1か月以内の納付かつ過去1年間納付遅延がない場合
正当な理由がある場合（天災・会計事務所のシステム障害等）

延滞税

源泉所得税の納付が遅延した場合、延滞税も加算されます。延滞税の年率は年度により変動し、令和7年基準では以下の通りです。

納期限から2か月以内：年2.4%（令和7年特例基準）
納期限から2か月超：年8.7%（令和7年特例基準）

源泉税の場合、給与であれば翌月10日、報酬料金であれば翌月10日（または納期の特例で半年に1回）が法定納期限です。数年前の徴収漏れを指摘されると、延滞税が本税の数十%にまで膨らむケースがあります。

源泉徴収漏れを指摘された場合の対応（グロスアップ計算）

源泉徴収漏れを指摘された場合、会社は源泉税を立替納付することになります。受取人から回収できない場合、どう計算するかが実務上の論点です。

原則：受取人から回収

源泉徴収漏れを指摘された場合の原則的対応は、受取人から源泉税相当額を回収することです。たとえば外注費100万円を支払っていたが本来は10.21%の源泉徴収が必要だった場合、外注先から102,100円を回収して税務署に納付します。

回収不能の場合：グロスアップ計算

受取人からの回収が困難な場合、会社が源泉税を負担することになります。この場合、「会社負担額＝追加的な報酬支払」と解釈されるため、グロスアップ計算が必要です。

🧮 グロスアップ計算の具体例

【前提】外注費100,000円、源泉所得税10.21%の徴収漏れ、回収不能

「100,000円が手取額」として支払ったと解釈し、税込額を逆算：
税込外注費 = 100,000円 ÷（1 − 0.1021） = 111,370円
源泉所得税 = 111,370円 × 10.21% = 11,370円

【結果】会社の追加負担：源泉税11,370円＋不納付加算税1,137円（10%）＋延滞税

グロスアップ計算を避けるには

受取人から回収できれば、グロスアップ計算を回避できます。回収の基本手順は以下の通りです。

受取人に事情を説明し、源泉税相当額の返還を依頼
回収できた場合は通常の源泉税10.21%で納付
回収できない場合はグロスアップ計算で納付
継続取引がある場合は、次回支払時に源泉税相当額を控除して精算

AYUSAWA PARTNERS

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実務で見落としやすい源泉徴収対象

源泉徴収義務の判断に迷いやすい、見落としやすい支払を整理します。

社員への記念品・褒賞金

勤続10年・20年等の永年勤続表彰→一定要件下で非課税、要件外は給与
業績優秀者への褒賞金→原則として給与
創業記念品→一定要件下で非課税
結婚祝・出産祝等の慶弔見舞金→社会通念上相当額なら非課税

研修・資格取得費用の会社負担

業務に直接必要な資格取得費（例：運転業務のためのフォークリフト免許）→非課税
業務に関連するが直接必要でない資格（例：経理担当者の英検）→一部非課税の可能性あり
自己啓発目的の資格（例：事務職の運転免許）→給与
MBA留学費用→業務との関連性で判定

社員旅行・慰安旅行

4泊5日以内かつ全社員の50%以上参加→一定金額まで非課税
役員のみの旅行→原則として役員給与
海外旅行でも日数・参加率要件を満たせば非課税可
豪華すぎる旅行（社会通念上の水準を超える）→給与

食事の現物支給

役員・従業員が食事代の半分以上を負担し、会社負担が月額3,500円以下→非課税
残業時の食事→業務上必要な場合は非課税
接待時の食事→会社負担は事業経費（給与ではない）

源泉徴収義務者の責任範囲と時効

源泉徴収義務者の法的責任と、過去の漏れの遡及範囲について整理します。

源泉徴収義務者の責任範囲

所得税法第221条により、源泉徴収義務者は徴収した所得税を国に納付する義務を負います。徴収を失念していた場合でも、受取人が源泉税分を負担するのではなく、まず支払者が納付義務を負います。その後、支払者が受取人から回収する流れとなります。

源泉徴収漏れの時効

源泉所得税の徴収権の消滅時効は、国税通則法第72条により原則5年です。したがって、過去5年分まで遡って源泉徴収漏れを指摘される可能性があります。ただし、偽りその他不正の行為による脱税の場合は、7年まで遡及されます。

税務調査後の修正納付の手続き

源泉徴収漏れを指摘された場合、以下の流れで修正納付を行います。

税務署から指摘を受ける（事前通知または調査中に判明）
支払先・金額・期間を調査官と確認
本税・不納付加算税・延滞税を計算
源泉所得税徴収高計算書（納付書）で納付
受取人への事情説明と源泉税相当額の回収（または協議）
再発防止のための内部統制整備

源泉徴収漏れを予防する社内管理体制

源泉徴収漏れを未然に防ぐには、支払時点での判定プロセスと日常の管理体制が重要です。

支払先台帳の整備

以下の情報を支払先ごとに管理することで、源泉徴収漏れを予防できます。

管理項目	記録すべき内容
支払先名称	法人／個人の区別、屋号
事業者区分	法人／個人事業主／非居住者
マイナンバー・法人番号	支払調書作成のため
インボイス登録番号	消費税判定のため
業務内容	源泉徴収対象の所得区分判定
源泉税率	該当税率と根拠条項
契約形態	業務委託／雇用／請負の区別

契約締結時のチェックリスト

相手先は法人か個人事業主か、請求書の発行元名義を確認
非居住者・外国法人の場合は租税条約適用の可否を確認
業務内容が源泉徴収対象の「報酬・料金」に該当するか判定
外注費と給与のいずれに該当するかを契約条件で判定
契約書に源泉徴収の取扱いを明記

毎月の支払時チェック

請求書の金額が源泉徴収前か後かを確認
源泉税率の適用（10.21%または20.42%）を確認
100万円超部分は税率が上がる（10.21%→20.42%）点に注意
消費税は源泉税計算の対象外（税抜金額×源泉税率）
翌月10日までに納付（納期の特例利用時は7月と1月）

年1回の定期点検

年末調整時に社員・役員の給与計算が正しいか確認
支払調書の作成対象者を漏れなく把握
法定調書合計表で年間総額を確認
非居住者への支払の租税条約適用状況を再確認
現物給与の有無を役員・幹部ヒアリング

源泉所得税の税務調査に関連する論点として、「税務調査の流れと事前準備の完全ガイド」では税務調査全体の流れを解説しています。調査対象になりやすい法人の特徴は「税務調査に入られやすい法人の特徴」で、加算税の計算詳細は「加算税の種類と計算方法完全ガイド」を参照してください。外注費/給与の論点は個人事業主側の視点で「個人事業主・フリーランスの税務調査」、海外取引・非居住者への支払は「副業・暗号資産・ネット収入の税務調査」も合わせてご覧ください。

よくある質問（FAQ）

税理士法人への顧問料は源泉徴収が必要ですか？

税理士「法人」への支払は源泉徴収不要です。源泉徴収義務は支払先が個人事業主の場合に発生します。「〇〇税理士事務所（個人）」への支払は源泉徴収必要、「税理士法人〇〇」への支払は源泉徴収不要となります。契約書や請求書の発行元名義で法人格の有無を判定してください。弁護士・公認会計士・社労士・司法書士についても同様の扱いです。

海外在住のデザイナーに日本からイラスト制作を依頼しました。源泉徴収は必要ですか？

非居住者への支払で「国内源泉所得」に該当するかで判定します。海外で制作して海外から納品されるデザイン業務は、原則として国内源泉所得に該当せず源泉徴収不要です。ただし、日本国内の事業に直接関連する場合や、作業の一部が日本で行われる場合は国内源泉所得となり20.42%の源泉徴収が必要となる可能性があります。判定が難しいため、継続的な依頼を開始する前に税理士に相談することを推奨します。

役員に社宅を貸与していますが、いくら徴収すれば源泉徴収の対象にならないですか？

役員から「賃貸料相当額」を徴収すれば現物給与の課税を回避できます。小規模住宅（耐用年数30年超木造99㎡以下等）の場合、①固定資産税課税標準額（建物）×0.2%、②12円×総床面積／3.3㎡、③固定資産税課税標準額（敷地）×0.22%の合計額が賃貸料相当額です。一般的には実勢家賃の2〜3割程度となるケースが多く、役員から徴収する家賃が賃貸料相当額を下回ると差額が役員給与として源泉徴収対象になります。

請求書に源泉税10.21%を引いた金額で請求されました。どう処理すべきですか？

請求書に源泉税を引いた金額が記載されていれば、請求書の金額を支払い、別途その源泉税額を翌月10日までに税務署に納付します。ただし、請求金額が既に源泉税控除後の金額なのか税込金額なのかは明確に確認してください。一般的な請求書では「請求額100,000円、源泉所得税△10,210円、差引支払額89,790円」のように記載されるため、この通り処理すれば正しい処理になります。税抜と税込を混同すると計算ミスにつながります。

源泉徴収漏れに気づきました。自主的に納付すれば加算税は軽減されますか？

税務調査前に自主納付すれば、不納付加算税は5%に軽減されます（税務署指摘の場合は10%）。さらに、法定納期限から1か月以内で過去1年間納付遅延がない場合は、不納付加算税が免除されます。気づいた時点で速やかに源泉所得税徴収高計算書（納付書）で不足分を納付してください。同時に、受取人への事情説明と源泉税相当額の回収も進める必要があります。延滞税は納付日まで日割で計算されるため、早期納付が望ましいです。

従業員の結婚祝金は源泉徴収の対象ですか？

社会通念上相当な金額であれば「慶弔見舞金」として非課税で、源泉徴収の対象外となります。一般的に3〜10万円程度であれば問題ありませんが、50万円を超えるような高額な祝金は給与認定される可能性があります。金額の相場は従業員の地位・勤続年数・会社の規模などで判断されます。また、全社員に同じ基準（就業規則や慶弔見舞金規程に規定）で支給していることが前提となります。特定の役員・社員にのみ高額を支給する場合は給与認定リスクが高まります。

外注先への報酬が1回100万円を超えました。源泉税率はどうなりますか？

1回の支払額が100万円を超える場合、100万円以下の部分は10.21%、100万円超の部分は20.42%となります。たとえば150万円の支払なら、100万円×10.21%＋50万円×20.42%＝102,100円＋102,100円＝204,200円の源泉税となります。複数回に分けて支払う場合は、同一人物への年間累計ではなく「1回の支払額」で判定する点がポイントです。

税務調査で過去5年分の源泉徴収漏れを指摘されました。受取人にはどう説明すべきですか？

誠実に事情を説明し、源泉税相当額の返還を依頼するのが基本です。受取人側も本来は受領時に源泉税が控除されるべきだったため、会社側のミスで不当に多く受け取っていたことになります。受取人が個人事業主として確定申告している場合、源泉税額を反映した修正申告または更正の請求を行うことで所得税の精算ができます。継続取引がある場合は、次回支払時に控除する方法も可能です。合意が得られず回収不能の場合はグロスアップ計算で会社が負担することになります。

まとめ

📋 この記事のポイント

源泉所得税の税務調査は法人税・消費税とは独立した切り口で行われ、独自の論点がある
4大指摘パターンは①外注費の給与認定、②個人への報酬料金の徴収漏れ、③役員への現物給与、④非居住者への支払
源泉徴収義務は「支払先が個人」の場合に発生。法人への支払は原則不要
不納付加算税は税務署指摘前5%・指摘後10%、仮装隠蔽なら重加算税35%
法定納期限から1か月以内で過去1年間遅延なしの場合は不納付加算税免除
回収不能の場合はグロスアップ計算で会社が源泉税を負担することに
過去5年分（不正行為なら7年分）まで遡って指摘される可能性あり
予防には支払先台帳の整備と契約時・支払時のチェックリスト運用が必須